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VMD粗粒化显示插件Bendix简单介绍

VMD是一个分子可视化程序, 它采用三维图形技术以及内置脚本来对生物大分子体系进行展示, 动画制作和分析. VMD官方网站 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/.其展示的蛋白非常漂亮,而且是免费软件,是与Pymol,UCSF Chimera齐名的可视化软件。但是粗粒化的显示效果不佳,好在可以在VMD 1.9.2以后自带的Bendix插件的帮助下显示非常美丽的粗粒化模型。

先一饱眼福粗粒化模拟做出来的图: 图片1: DPPC bilayer formation

官方教程

这里对官方显示教程做一个简单的介绍: 首先下载官方示例包:http://sbcb.bioch.ox.ac.uk/Bendix/data/tutorial_files.zip 其中包含pdb文件(PDB ID:1PV7)和一个分析文件(pdb)以及一个分析轨迹文件(dcd)

1.VMD中一般螺旋表示

首先我们可以把背景设置为白色VMD Main > Graphics > Colours,选择Display,设置Background颜色为8 white 加载 1PV7_LacY.pdb。通过Graphics >Representations设置为下图所示:

2.Bendix中螺旋的功能图形的显示

VMD Main>Extensions>Visualization>Bendix中打开工具,保持默认设置,点击Draw按钮,结果如下:

3.设置成单一颜色

这个非常的简单,在Uniform color中设置 full selection即可,如果是多个蛋白,设置by chain即可显示不同颜色

4.热图

显示热图仅需设置为Heatmap color即可,Scale选项默认为RGB,即Red-Green-Blue,Color threshold为颜色阈值。

5. 绘制non-Bendices

仅需Rep 0修改为Tube即可

完整的教程包括轨迹教程可以查阅官方文档:http://sbcb.bioch.ox.ac.uk/Bendix/tutorial.html