使用VMD绘画豪猪图

文件下载地址：PorcupinePlot

Step 1:

获得 extreme1.pdb 使用如下命令

1

g_anaeig -s protein_CAlpha.pdb -f combinedItajectory.xtc -extr extreme1.pdb -first 1 -last 1 -nframes 50

Step2:

使用文本编辑器，从extreme1.pdb保存第一个frame 改成"first_frame.pdb" 相似的把最后一个frame改为 “last_frame.pdb”

Step3:

打开VMD, Load first_frame.pdb in New Molecule. 相似的load, last frame 作为 a newmolecule.

Step4:

打开 Tcl/Tk Console

Step5:

输入"play Porcupine.tcl" 并回车

Step6:

然后在 VMD（主界面） Main, 点击 first_frame 并且在 console 中输入:** atomselect top “name CA”**

step7:

Then in VMD Main, click on last_frame and type in console:** atomselect top “name CA”**

Step8:

然后输入

1

porcupineplot::Diff atomselect1 atomselect0

最后的输入结果类似如下：

1
2
3
4
5
6


-----------------------
>Main< (ras-raf) 17 % atomselect top "name CA" atomselect0 >Main< (ras-raf) 20 % atomselect top "name CA" atomselect1 >Main< (ras-raf) 21 % porcupineplot::Diff atomselect1 atomselect0
running through 242 residues
drawing arrows for distances between 0.14418759278366697 and 5.825031451230942 (colors from scheme BGR)
drawing color scale bar
done

在VMD中最终效果如下：

Demo_ras-raf

注意：在 g_covar 和 g_anaeig 命令中选择protein而非Ca

感谢GROMACS小组-李辉指正