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制作VMD动画(中文版)/Pymol 动画

原文连接失效了,此为PDF版本:VMD-animations

VMD版本

第一步: 提取轨迹。

往往轨迹文件很大,建议先提取其中的一段,或者把步长放大,提取完整的也行。利用指令:trjconv -f nvt.trr -b 0 -e 500 -o nvt_500.trr可以获得轨迹文件中从0到500 ps的轨迹。

第二步:导入轨迹

安装VMD,然后先导入十进制文件,再导入二进制轨迹文件(这些简单操作就带过了)。然后你就能看到轨迹了。要将轨迹做得美观点,一般有这样几个建议:1. 不要把VMD全屏,否则你会后悔的;2. 背景色相应进行调整;3. DisplayàAxesàoff去掉坐标系。接下来选择Extension à Visualization à Movie Maker,然后就会跳出一个VMD Movie Generator的小窗口。

第三步:设置参数

建议在空间大的盘里建立一个临时文件夹,路径名最好都是英文或者拉丁字符的,汉字VMD不认的。然后把working directory改成你刚刚新建的临时文件夹目录。Renderer选择Snapshot,Movie Setting改成Trajectory,format改成MPEG-1或者AVI(如果你有足够空间和时间的话)。其他参数按照自己的需求修改。此时点击Make Movie,整个过程就开始了。这里有个非常重要的东西要提醒:VMD是将视频一帧一桢形成图片格式输出,然后再在另一个软件中组成一个动画,因此图片就是你一会做动画的来源,既然图片选择snapshot(快照),那也就是说你必须将动画置于窗口,而不能最小化,否则相当于无法截屏了。

VMD中

1
trjconv -f mdwholeNOjump.xtc -s md_0_1.tpr -fit rot+trans -o mdahrfitNojump.xtc

选择蛋白文件不动,这样做出来的结果就是稳定的

另外一种方法为:

mouse-move-molecule,然后按住shift拖动分子调整分子与坐标轴的相对朝向,以使得绕着坐标轴的某个轴转动时可以把感兴趣的区域显示出来。然后extension-analysis-RMSD trajectory tool,直接点Align,这样后续的帧中的结构就都向着最初帧的分子朝向对齐了。

在Pymol模式下可以这样子:

1
intra_fit protein and (name c,n,ca)

Pymol版本制作电影:

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3
4
5
viewport 640,480

set ray_trace_frames,1

mpng frame_.png

具体Pymol方法可以看这里(5-6页):Gromacs教程II-MD结果分析

参考文献:如何用VMD将轨迹文件制作动画

参考文献:怎样用VMD软件画出一条MD轨迹中所有构象

参考文献:显示粒子运动轨迹的VMD脚本

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