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VMD版本

第一步： 提取轨迹。

往往轨迹文件很大，建议先提取其中的一段，或者把步长放大，提取完整的也行。利用指令：trjconv -f nvt.trr -b 0 -e 500 -o nvt_500.trr可以获得轨迹文件中从0到500 ps的轨迹。

第二步：导入轨迹

安装VMD，然后先导入十进制文件，再导入二进制轨迹文件（这些简单操作就带过了）。然后你就能看到轨迹了。要将轨迹做得美观点，一般有这样几个建议：1. 不要把VMD全屏，否则你会后悔的；2. 背景色相应进行调整；3. DisplayàAxesàoff去掉坐标系。接下来选择Extension à Visualization à Movie Maker，然后就会跳出一个VMD Movie Generator的小窗口。

第三步：设置参数

建议在空间大的盘里建立一个临时文件夹，路径名最好都是英文或者拉丁字符的，汉字VMD不认的。然后把working directory改成你刚刚新建的临时文件夹目录。Renderer选择Snapshot，Movie Setting改成Trajectory，format改成MPEG-1或者AVI（如果你有足够空间和时间的话）。其他参数按照自己的需求修改。此时点击Make Movie，整个过程就开始了。这里有个非常重要的东西要提醒：VMD是将视频一帧一桢形成图片格式输出，然后再在另一个软件中组成一个动画，因此图片就是你一会做动画的来源，既然图片选择snapshot（快照），那也就是说你必须将动画置于窗口，而不能最小化，否则相当于无法截屏了。

VMD中

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trjconv -f mdwholeNOjump.xtc -s md_0_1.tpr -fit rot+trans -o mdahrfitNojump.xtc

选择蛋白文件不动，这样做出来的结果就是稳定的

另外一种方法为：

选mouse-move-molecule，然后按住shift拖动分子调整分子与坐标轴的相对朝向，以使得绕着坐标轴的某个轴转动时可以把感兴趣的区域显示出来。然后extension-analysis-RMSD trajectory tool，直接点Align，这样后续的帧中的结构就都向着最初帧的分子朝向对齐了。

在Pymol模式下可以这样子：

1

intra_fit protein and (name c,n,ca)

Pymol版本制作电影：

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3
4
5

viewport 640,480

set ray_trace_frames,1

mpng frame_.png

具体Pymol方法可以看这里（5-6页）：Gromacs教程II-MD结果分析

参考文献：如何用VMD将轨迹文件制作动画

参考文献：怎样用VMD软件画出一条MD轨迹中所有构象

参考文献：显示粒子运动轨迹的VMD脚本