Pymol 选择速查手册(2021)

此内容主要是为了对Pymol进行选择的小结总结，完全的内容可以查看PymolWiki。

原子选择的命名

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#表达式
select selection-name,selection-expression

#例子
select bb,name c+o+n+ca    #创建名称“bb”的原子，包括“C”，“O”，“N”或者“CA”的原子
color red, bb   #给bb赋予红色
hide lines, bb  #隐藏线状representation
show sticks, bb  #棒状展示
zoom bb   #聚焦bb

常用选择

–单字母–	–短选择–	–描述–
all	*	PyMOL中加载全原子
none	none	啥也不选
hydro	h.	所有氢原子，足以后面有.
hetatm	het	加载HETATM标签
visible	v.	选择所有可见的原子
polymer	pol.	聚合物
backbone	bb.	骨架原子
sidechain	sc.	侧链原子
center		居中
origin		旋转
orgainic	org.	所有非聚合的有机化合物（如:配体，buffers等等）
inorganic		非有机分析
metals		金属离子（PyMOL1.6.1以上）
solvent		溶剂分析，包括HOH，WAT，H2O，TIP，SOL

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#示例

color blue, all   #所有颜色标记为blue
color blue, *

hide hydro    #所有氢原子都隐藏
hide h.

show spheres, hetatom   #所有定义为HETATOMS的原子
show spheres, het

特征选择

–匹配参数选择–	–短字符–	–例子和解释–
symbol	e.	一到两个化学特征字符`select polar,symbol O+N`
name	n.	最高4个字符的蛋白或者核酸原子`select carbons,name CA+CB+CG+CD`
resn	r.	残基名`select aas, resn ASP+GLU+ASN` 核酸名`select bases,resn A+G`
resi	i.	残基编号select mults10,resi 1+10+100``select nterm,resi 1-10
alt	alt	alternate-conformation-identifier-list `select altconf,alt A+""`
chain	c.	选择相应的链`select firstch,chain A`
segi	s.	选择片段特征`select ligand,segi lig`
flag	f.	从0到31的单整数`select f1,flag 0`
numeric_type	nt.	单个整数`select typel, nt. 5`
text_type	tt.	type-string`select subset,text_type HA+HC`
id	id	单整数外部索引`select idno,id 23`
index	idx.	单整数内部索引`select intid,index 11`
ss	ss	二级结构`select allstrs,ss H+S+L+""`
label		原子注释上标签如: `label "Hello World"`

数字选择表

–数字选择–	–短字符–	–参数和例子–
b	b	beta因子`select fuzzy,b>10`
q	q	占有率值`select lowcharges,q>0.50`
formal_charge	fc.	形成电荷值`select doubles,fc.=-1`
partial_charge	pc.	部分电荷值`select hicharges,pc.>1`

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# 例子
select nterm,resi 1+2+3
select nterm,resi 1-3
select unstruct,ss " "

更多例子:

根据PDB原子编号进行选择

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select Nr, id 1-30

若你的残基id为负的，则需要添加\: 如下选择残基-55的原子

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select i. \-55

取反:

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select aa, not alt ""

选择操作和修饰表格

–操作–	–短字符–	–影响–
not s1	!s1	不包括`select sidechains,!bb`
s1 and s2	s1&s2	选择既在s1又在s2中的原子`select far_bb,bb&farfrm_ten`
s1 or s2	s1\|s2	选择s1或者s2中的原子（也就是包含全部的s1和 s2原子）`select all_prot,bb\|sidechain`
s1 in s2		选择s1中的那些原子，其identifiers (name, resi, resn, chain, segi) 全部符合s2中对应的原子`select same_atms,pept in prot`
s1 like s2	s1 \|.s2	选择s1中的那些原子，其identifiers (name, resi) 符合s2中对应的原子`select similar_atms,pept like prot`
s1 gap X		选择那些原子，其van der Waals半径至少和s1的 van der Waals半径相差X`select farfrm_ten,resi 10 gap 5`
first s1		S1中的第一个原子
last s1		S1中的最后一个原子
s1 around X	s1 a.X	选择以s1中任何原子为中心，X为半径，所包括的所有原子 `select near_ten,resi 10 around 5`
s1 expand	s1 x.X	选择以s1中任何原子为中心，X为半径，然后把s1 扩展至该新的范围所包含的所有原子 `select near_ten_x,near_ten expand 3`
s1 within X of s2	s1 w.X of s2	选择以s2为中心，X为半径，并包含在s1中的原子 `select bbnearten,bb w. 4 of resi 10`
byres s1	br. s1	扩展完整的分子`select complete_mol, bm. bbnear10`
bymolecule s1	bm.s1	故名思义，下同
byfragment s1	bf. s1	`select complete_frag, bf. bbnear10`
bysegment s1	bs. s1	`select complete_seg, bs. bbnear10`
byobject s1	bo. s1	把选择扩展到全部object `select near_obj, bo. near_res`
bycell s1
byring s1		1.8.2新功能`select rings,byring (all)`
neighbor s1	nbr. s1	选择直接和s1相连的原子.`select vicinos,neighbor resi 10`
bound_to s1	bto. s1
s1 extend X	s1 xt. X	`selecr connect_x,near10 extend 3`
pepseq SEQ	ps. SEQ	`select 1tvn and ps. FATEW`
rep rep		`select sele,rep spheres`

大量快速选择

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select pept and segi lig and chain b and resi 142 and name ca

可以压缩成如下格式:

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select /pept/lig/b/142/ca

化学分类选择

操作	短字母	注释
organic	org.	非聚合物有机复合物(eg. ligands,buffers)
inorganic	ino.	非有机复合物
solvent	sol.	水分子
polymer	pol.	蛋白或者核酸
polymer.protein		蛋白
polymer.nucleic		核酸
guide		蛋白CA和核酸C4*/C4'
hetatm		PDB HETATM记录
hydrogens	h.	氢原子
backbone	bb.	骨架
sidechain	sc.	侧链
metals		金属
donors	don.	氢键供体
acceptors	acc.	氢键受体

坐标选择

操作	短字母	注释
state		原子所处的状态例如:`state 123`
present	pr.	现在的状态
x,y,z		模型空间坐标，例如:`x<12`
center/origin		选择中心/旋转的伪原子