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VMD可视化粗粒化力场简单介绍

此篇文章是简单的归纳总结官网的Rendering CG bonds & constraints with VMD, 查看的时候的时间为16 August 2017,请注意时效性。

该脚本分为两个版本,一个是gromacs5以前版本,一个是gromacs5版本(包括2016),以下均以cg_bonds-v5.tcl为例

使用方法:

使用的方法与VMD其他脚本类似,即source一下即可

source /path/to/cg_bonds-v5.tcl

现在脚本可以通过-top设置来读入.top和.itp文件

cg_bonds:

-molid   “top”     VMD-defined ID of the molecule to process

-gmx      /usr/bin/gmxdump   gmxdump绝对路径的执行脚本,对于版本5,默认的为/usr/bin/gmx

-tpr         topol.tpr    顾名思义

-top         topol.top    顾名思义

-topoltype  “martini”    蛋白拓扑类型:“martini”,“elastic”,“elnedyn”

-net          “martini”       绘制网络:“martini”,“elastic”,“both”

-bndrcnstr    “both”       绘制键和/或约束"bonds",“constraints”,“both”

-cutoff            7.0           键截距(埃)

-color           “red”           颜色名称或者VMD定义ID对于elastic 键

-mat              “Opaque”       对于elnedyn键的材料

-rad               0.2               elastic键半径

-res                6                 elastic键分辨率

例子:

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user@machine $ vmd protein.gro
vmd >  source /home/user/scripts/cg_bonds.tcl
vmd >  cg_bonds -top system.top -topoltype “elastic”
vmd >  cg_bonds -gmx /home/user/bin/gmx-4.5.4/bin/gmxdump -tpr dyn.tpr -net “elastic” -cutoff 12.0 -color “orange” -mat “AOChalky” -res 12 -rad 0.1 -topoltype “elastic”
vmd > cg_delete_elastic_bonds