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GMXPBSAtool安装与使用经验教程

由于自己在使用G_mmbps时发现并不是那么准确,反复计算均未得到自己想要的结果,所以想试一下GMXPBSAtool得到的结果,但是安装和调试bug就花费了我一上午的时间,为了帮助大家更加快速的使用,我在这里总结一下经验分享给大家~

1.Gromacs安装

略 应该这个不可以使用mpi版本,自己测试也无法完成,若需要用mpi版本应该需要改bash脚本,至少将gromacs命令相应更改(PS:我使用的版本为5.0.2/5.0.6) 个人觉得应该可以安装一个版本不设置环境变量[!未测试!]

2.APBS安装

APBS下载点击此处查看 下载编译好的以及未编译的均可,若只是用于GMXPBSAtool可以不需要设置环境变量 我下载的1.3版本 命令如下:

tar zxvf apbs-1.3-source.tar.gz > cd apbs-1.3-source/ > ./configure –prefix=/home/gromacs/md/apbs > make > make install

3.GMXPBSAtool

GMXPBSAtool下载

解压,在bash/zsh中设置:

export GMXPBSAHOME=/home/gromacs/md/GMXPBSAtool

4.input参数配置

我配置的如下:

主要修改的地方有以下这么几点:

1).路径:

Cpath /home/gromacs/md/apbs/share/tools/manip > ;apbs的coulumb工具 > Apath /home/gromacs/md/apbs/bin > ;apbs目录 > Gpath /home/gromacs/md/gromacs/bin > ;gromacs目录

2).力场文件

use_topology y #options: y,n > itp_receptor receptor.itp > itp_ligand TCD.itp > use_nonstd_ff n #options: y,n > ffield 5 由于我是做的受体配体,gromacs pdb2gmx不可以读小分子配体(无力场),所以use_topology,应该也可以改力场文件,加原子类型与电荷,但是自己修改不成功.注意需要放置topol.top文件,将topol.top中的蛋白数据提取出来,新建一个receptor.itp 否则会在后面报错. ffield我选的amber5力场

3).Gromacs变量

complex protein_TCD > receptor protein > ligand TCD 在index.ndx中删除一个TCD,否则会报错

5.运行

将轨迹文件处理后命名为npt.xtc

tpr文件命名为npt.tpr

放入289文件夹下(可以修改)

1. cd EXAMPLE1 > 2. $GMXPBSAHOME/gmxpbsa0.sh and wait few seconds to finish the calculations > 3. when the step 2. is done, type $GMXPBSAHOME/gmxpbsa1.sh and have a cup of coffe :) > 4. when the step 3. is done, type $GMXPBSAHOME/gmxpbsa2.sh and wait few seconds to finish the calculations 参考文献:GMXPBSATool

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