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g_mmpbsa之参数注释

MM/PBSA方法是一个非常有用的针对大分子特别是蛋白配体测亲和力很有用的方法。 g_mmpbsa是一个针对GROMACS程序使用的MM/PBSA方法,最近在群里讨论非常多,最近一个膜蛋白体系使用该方法做出的结果发现一些问题,最近在找问题,所以先把g_mmpbsa的参数进行了研读,在这里分享给大家。

极性溶剂化能(Polar Solvation Energy)输入关键字

polar

1
polar             = yes

是否计算极性溶剂化能,如果不需要进行极性计算,值可以变为no

cfac

1
cfac              = 2

扩大分子尺寸来获得粗糙的格点尺寸的因子.如果是非常简单的边界条件或者非常高的带电分子,那么值需要增加。APBS程序中默认值为1.7

fadd

1
fadd               = 20

增加分子尺寸的数值(埃级别)来获得精确的格点尺寸。在高电荷分子中该值需要被增加来阻止等界限被截断

gridspace

1
gridspace           =  0.2

微调格点空间的特异值(埃界别).若为精细计算,那么需要0.5A或者更低的值,若需要初略计算,则可以增加数值

gmemceil

1
gmemceil              = 4000

设置的最大内存值(MB)

PBsolver

1
PBsolver               = npbe

选择线性还是非线性波尔兹曼公式来解决问题。关键字lpbenpbe分别表示线性和传统的非线性PB公式。在极性计算中不同的值的影响已被调查过。对于高电荷体系,使用非线性PB公式是必须的。

mg-type

1
mg-type                 = mg-auto

接受mg-automg-para两个关键字 mg-auto将会自动设置顺序进行多格点PB计算 mg-para将会自动设置线程进行多格点PB计算(此需要自己编译APBS版本和mpirun)

pcharge

1
pcharge                   =  1

溶液中正电荷离子电荷

prad

1
prad                       =  0.95

正电荷离子半径

pconc

1
pconc                       =  0.150

正电荷离子浓度

ncharge

1
ncharge                      =  -1

溶液中负电荷离子电荷

nrad

1
nrad                          =  1.81

负电荷离子半径

nconc

1
nconc                         = 0.150

负电荷离子浓度

pdie

1
pdie                           =   4

溶解电解质常数值。此值需要依据计算的溶质对象进行改变。对于高电荷溶质高的电介质值将会产生更加准确的极性溶解能。

sdie

1
sdie                           =  80

溶剂介电常数

vdie

1
vdie                           =   1

真空下介电常数

srad

1
srad                             =  1.4

溶剂分子半径,水类似物状的分子表面一般设置为1.4埃

swin

1
swin                            =  0.30

这为基于样条曲线的曲面定义指定了三次样条曲线窗口的值。 在计算中使用基于探针的表面时不使用.所以一般不需要修改

srfm

1
srfm                            =   smol

这指定了用来构造介电和离子可及性系数的模型.关键字接受mol,smol,spl2spl4,其会影响极性能计算。该关键字指定用于构建溶剂相关表面和体积的模型

sdens

1
sdens                            =   10

指定构建分子表面或溶剂可及表面的每个Å2的网格点数。 当srad = 0.0或srfm = spl2时不考虑

temp

1
temp                              =  300

温度

chgm

1
chgm                               = spl4

这指定了用于将生物分子点电荷映射到网格的方法,用于多重格点波尔兹曼计算。 接受的关键字是spl0spl2spl4 spl0 传统的三线插值法(线性样条函数 Traditional trilinear interpolation ),产生的电位对网格间距,长度和位置非常敏感。 spl2立体B-线性样条离散化(Cubic B-spline discretization),相对spl0敏感度低 spl4五次B-线性样条离散化(Quintic B-spline discretization) 该值的变化没有被测试过

bcfl

1
bcfl                               = mdh

特定的边界条件类型来解决波尔兹曼公式。关键字接受zero,sdh,mdh,focusmap。其中focusmap或导致g_mmpbsa终止。zero不是很常用。sdh当在边界条件很远的时候效果较好。mdh速度较慢

非极性溶剂化能(Polar Solvation Energy)输入关键字

apolar

1
apolar                              =  yes

是否进行非极性溶剂化能计算

SASA模型

gamma

1
gamma                                = 0.02267

未完待续

Licensed under CC BY-NC-SA 4.0