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Pymol 选择速查手册

pymol.png

此内容主要是为了对Pymol进行选择的小结总结,完全的内容可以查看PymolWiki

原子选择的命名

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#表达式
select selection-name,selection-expression

#例子
select bb,name c+o+n+ca    #创建名称“bb”的原子,包括“C”,“O”,“N”或者“CA”的原子
color red, bb   #给bb赋予红色
hide lines, bb  #隐藏线状representation
show sticks, bb  #棒状展示
zoom bb   #聚焦bb

单字母选择

–单字母– –短选择– –描述–
all * PyMOL中加载全原子
none none 啥也不选
hydro h. 所有氢原子,足以后面有.
hetatm het 加载HETATM标签
visible v. 选择所有可见的原子
polymer pol. 聚合物
backbone bb. 骨架原子
sidechain sc. 侧链原子
center 居中
origin 旋转
orgainic org. 所有非聚合的有机化合物(如:配体,buffers等等)
inorganic 非有机分析
metals 金属离子(PyMOL1.6.1以上)
solvent 溶剂分析,包括HOH,WAT,H2O,TIP,SOL
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#示例

color blue, all   #所有颜色标记为blue
color blue, *

hide hydro    #所有氢原子都隐藏
hide h.

show spheres, hetatom   #所有定义为HETATOMS的原子
show spheres, het

特征选择

–匹配参数选择– –短字符– –例子和解释–
symbol e. 一到两个化学特征字符select polar,symbol O+N
name n. 最高4个字符的蛋白或者核酸原子select carbons,name CA+CB+CG+CD
resn r. 残基名select aas, resn ASP+GLU+ASN 核酸名select bases,resn A+G
resi i. 残基编号select mults10,resi 1+10+100``select nterm,resi 1-10
alt alt alternate-conformation-identifier-list select altconf,alt A+""
chain c. 选择相应的链select firstch,chain A
segi s. 选择片段特征select ligand,segi lig
flag f. 从0到31的单整数select f1,flag 0
numeric_type nt. 单个整数select typel, nt. 5
text_type tt. type-stringselect subset,text_type HA+HC
id id 单整数外部索引select idno,id 23
index idx. 单整数内部索引select intid,index 11
ss ss 二级结构select allstrs,ss H+S+L+""

数字选择表

–数字选择– –短字符– –参数和例子–
b b beta因子select fuzzy,b>10
q q 占有率值select lowcharges,q>0.50
formal_charge fc. 形成电荷值select doubles,fc.=-1
partial_charge pc. 部分电荷值select hicharges,pc.>1
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# 例子
select nterm,resi 1+2+3
select nterm,resi 1-3
select unstruct,ss " "

选择操作和修饰表格

–操作– –短字符– –影响–
not s1 !s1 不包括select sidechains,!bb
s1 and s2 s1&s2 选择既在s1又在s2中的原子select far_bb,bb&farfrm_ten
s1 or s2 s1|s2 选择s1或者s2中的原子(也就是包含全部的s1和 s2原子)select all_prot,bb\|sidechain
s1 in s2 选择s1中的那些原子,其identifiers (name, resi, resn, chain, segi) 全部符合s2中对应的原子select same_atms,pept in prot
s1 like s2 s1 |.s2 选择s1中的那些原子,其identifiers (name, resi) 符合s2中对应的原子select similar_atms,pept like prot
s1 gap X 选择那些原子,其van der Waals半径至少和s1的 van der Waals半径相差Xselect farfrm_ten,resi 10 gap 5
s1 around X s1 a.X 选择以s1中任何原子为中心,X为半径,所包括的所 有原子 select near_ten,resi 10 around 5
s1 expand s1 x.X 选择以s1中任何原子为中心,X为半径,然后把s1 扩展至该新的范围所包含的所有原子 select near_ten_x,near_ten expand 3
s1 within X of s2 s1 w.X of s2 选择以s2为中心,X为半径,并包含在s1中的原子 select bbnearten,bb w. 4 of resi 10
byres s1 br. s1 扩展完整的分子select complete_mol, bm. bbnear10
bymolecule s1 bm.s1 故名思义,下同
byfragment s1 bf. s1 select complete_frag, bf. bbnear10
bysegment s1 bs. s1 select complete_seg, bs. bbnear10
byobject s1 bo. s1 把选择扩展到全部object select near_obj, bo. near_res
bycell s1
byring s1 1.8.2新功能select rings,byring (all)
neighbor s1 nbr. s1 选择直接和s1相连的原子.select vicinos,neighbor resi 10
bound_to s1 bto. s1
s1 extend X s1 xt. X selecr connect_x,near10 extend 3
pepseq SEQ ps. SEQ select 1tvn and ps. FATEW
rep rep select sele,rep spheres

大量快速选择

1
select pept and segi lig and chain b and resi 142 and name ca

可以压缩成如下格式:

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select /pept/lig/b/142/ca
Licensed under CC BY-NC-SA 4.0