此内容主要是为了对Pymol进行选择的小结总结,完全的内容可以查看PymolWiki。
原子选择的命名
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单字母选择
–单字母– | –短选择– | –描述– |
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all | * | PyMOL中加载全原子 |
none | none | 啥也不选 |
hydro | h. | 所有氢原子,足以后面有. |
hetatm | het | 加载HETATM标签 |
visible | v. | 选择所有可见的原子 |
polymer | pol. | 聚合物 |
backbone | bb. | 骨架原子 |
sidechain | sc. | 侧链原子 |
center | 居中 | |
origin | 旋转 | |
orgainic | org. | 所有非聚合的有机化合物(如:配体,buffers等等) |
inorganic | 非有机分析 | |
metals | 金属离子(PyMOL1.6.1以上) | |
solvent | 溶剂分析,包括HOH,WAT,H2O,TIP,SOL |
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特征选择
–匹配参数选择– | –短字符– | –例子和解释– |
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symbol | e. | 一到两个化学特征字符select polar,symbol O+N |
name | n. | 最高4个字符的蛋白或者核酸原子select carbons,name CA+CB+CG+CD |
resn | r. | 残基名select aas, resn ASP+GLU+ASN 核酸名select bases,resn A+G |
resi | i. | 残基编号select mults10,resi 1+10+100``select nterm,resi 1-10 |
alt | alt | alternate-conformation-identifier-list select altconf,alt A+"" |
chain | c. | 选择相应的链select firstch,chain A |
segi | s. | 选择片段特征select ligand,segi lig |
flag | f. | 从0到31的单整数select f1,flag 0 |
numeric_type | nt. | 单个整数select typel, nt. 5 |
text_type | tt. | type-stringselect subset,text_type HA+HC |
id | id | 单整数外部索引select idno,id 23 |
index | idx. | 单整数内部索引select intid,index 11 |
ss | ss | 二级结构select allstrs,ss H+S+L+"" |
数字选择表
–数字选择– | –短字符– | –参数和例子– |
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b | b | beta因子select fuzzy,b>10 |
q | q | 占有率值select lowcharges,q>0.50 |
formal_charge | fc. | 形成电荷值select doubles,fc.=-1 |
partial_charge | pc. | 部分电荷值select hicharges,pc.>1 |
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选择操作和修饰表格
–操作– | –短字符– | –影响– |
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not s1 | !s1 | 不包括select sidechains,!bb |
s1 and s2 | s1&s2 | 选择既在s1又在s2中的原子select far_bb,bb&farfrm_ten |
s1 or s2 | s1|s2 | 选择s1或者s2中的原子(也就是包含全部的s1和 s2原子)select all_prot,bb|sidechain |
s1 in s2 | 选择s1中的那些原子,其identifiers (name, resi, resn, chain, segi) 全部符合s2中对应的原子select same_atms,pept in prot |
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s1 like s2 | s1 |.s2 | 选择s1中的那些原子,其identifiers (name, resi) 符合s2中对应的原子select similar_atms,pept like prot |
s1 gap X | 选择那些原子,其van der Waals半径至少和s1的 van der Waals半径相差Xselect farfrm_ten,resi 10 gap 5 |
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s1 around X | s1 a.X | 选择以s1中任何原子为中心,X为半径,所包括的所 有原子 select near_ten,resi 10 around 5 |
s1 expand | s1 x.X | 选择以s1中任何原子为中心,X为半径,然后把s1 扩展至该新的范围所包含的所有原子 select near_ten_x,near_ten expand 3 |
s1 within X of s2 | s1 w.X of s2 | 选择以s2为中心,X为半径,并包含在s1中的原子 select bbnearten,bb w. 4 of resi 10 |
byres s1 | br. s1 | 扩展完整的分子select complete_mol, bm. bbnear10 |
bymolecule s1 | bm.s1 | 故名思义,下同 |
byfragment s1 | bf. s1 | select complete_frag, bf. bbnear10 |
bysegment s1 | bs. s1 | select complete_seg, bs. bbnear10 |
byobject s1 | bo. s1 | 把选择扩展到全部object select near_obj, bo. near_res |
bycell s1 | ||
byring s1 | 1.8.2新功能select rings,byring (all) |
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neighbor s1 | nbr. s1 | 选择直接和s1相连的原子.select vicinos,neighbor resi 10 |
bound_to s1 | bto. s1 | |
s1 extend X | s1 xt. X | selecr connect_x,near10 extend 3 |
pepseq SEQ | ps. SEQ | select 1tvn and ps. FATEW |
rep rep | select sele,rep spheres |
大量快速选择
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可以压缩成如下格式:
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