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Pymol渲染(Ray)笔记

Ray

ray将会创建一个现在的框架图像的渲染(ray-traced)图像。我们平常使用pymol的时候可能就是直接ray一下出图,其实ray有许多功能可以挖掘,这里简单介绍一小部分。

使用

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ray [width,height [,renderer [,angle [,shift ]]]

angleshift将会生成立体的配对 widthheight为设置ray的长宽,可以超出现在的框架

例子

默认图像

图片1

简单渲染

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#全部使用默认设置
ray

图片2

PyMol API

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cmd.ray(int width,int height,int renderer=-1,float shift=0)

设置

渲染模式

设置Ray_trace_mode设置可以修改最终成图的时候的PyMOL的内部渲染蛋白的模式. 下面可以查看不同模式的效果

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# 普通颜色
set ray_trace_mode, 0

# 普通颜色+黑色线
set ray_trace_mode, 1

# 仅包含黑色线
set ray_trace_mode, 2

# 倍色+黑色线
set ray_trace_mode, 3

# 建议设置
set antialias, 2

# 更改线的颜色
set ray_trace_color, magenta

效果如下

ray_trace_mode, 1 图片3

ray_trace_mode, 2 图片4

ray_trace_mode, 3 图片5

ray_trace_color, magenta 图片6

透视

在0.98版本以后,渲染速度得到了提升,选择的开关如下:

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set orthoscopic, off

set orthoscopic, on

放大近景如下:

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set field_of_view, X

当50<X<70,默认为20.50-70 拥有非常强的透视效果。透视的轴为Y轴,而不是X轴

orthoscopic, off 图片7

orthoscopic, on 图片8

set field_of_view, 70 图片9

不知道为何我做出来没有效果,可以看官方的图例

图片10

渲染

renderer = -1 为默认渲染 renderer = 0 为PyMOL内部渲染器 renderer = 1 使用PovRay渲染器, **Unix-only **

例子如下

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# ray trace with an external renderer.
ray renderer=0

比较了一下-1和0模式的效果差别不大。

Licensed under CC BY-NC-SA 4.0