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Pymol安装与问题解决

Pymol是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件,由Warren Lyford DeLano编写,并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。

Pymol被用来创作高品质的分子(特别是生物大分子如蛋白质)三维结构。据软件作者宣称,在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用Pymol来制作的。

Pymol名字的来源:“Py”表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则是英文分子(molucule)的缩写,表示该软件用来显示分子结构。

安装方法:

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sudo apt-get install pymol

我们通过pymol命令运行,看似安装成功,但是我们打开时会终端出现:

Segmentation fault 深度截图20151203010035

出现这个问题主要是栈溢出造成的,因为默认ubuntu只有8MB,所以我们需要增加栈桥大小

百度上给予了这些方法:

在/etc/profile 的最后面添加ulimit -s unlimited 保存,source /etc/profile使修改文件生效

linux查看修改线程默认栈空间大小 :ulimit -s

1、通过命令 ulimit -s 查看linux的默认栈空间大小,默认情况下 为10240 即10M

2、通过命令 ulimit -s 设置大小值 临时改变栈空间大小:ulimit -s 102400, 即修改为100M

3、可以在/etc/rc.local 内 加入 ulimit -s 102400 则可以开机就设置栈空间大小

4、在/etc/security/limits.conf 中也可以改变栈空间大小:

#<domain> <type> <item> <value>

  • soft stack 102400

重新登录,执行ulimit -s 即可看到改为102400 即100M

深度截图20151203010949

最好我的方法是:

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sudo gedit /etc/profile

在最后一行增加:

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# add ulimit

ulimit -s 102400

重启,再ulimit -s

发现变为

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102400

完美解决!

1.如果自行安装最新的编译包,只需(倘若安装在我的kangsgo主目录的mdinstall/plot/py目录下):

python setup.py build install –home=/home/kangsgo/mdinstall/plot/py

2.设置环境变量:

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~/.zshrc

# pymol

export PATH=”$PATH:/home/kangsgo/mdinstall/plot/py/bin/:.”

source  ~/.zshrc

倘若还不行请安装openGL环境或者直接上CUDA

深度截图20151203051619