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Pymol之保存

保存文件

简单的保存笔记,仅个人之用,所以可能有点潦草

PyMOL可以使用save命令: 保存 .pdb, .pqr, .mol, .sdf, .pkl, .pkla, .mmd, .out, .dat, .mmod, .pmo, .pov, .png, .pse, .psw, .aln, .fasta, .obj, .mtl, .wrl, .idtf, .dae, or .mol2格式

同样可以保存PyMOL缓存文件.pse

另外还可以保存CLUSTALW类似比对文件.aln

使用

一般格式为

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save file [,(selection) [,state [,format]] ]

例子

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# 只保存alpha 碳原子
save onlyCAs.pdb, n. CA

# 保存轨迹文件
save myTraj.pdb, myMDTrajectory, state=0

# 保存为PyMOL 缓存文件
save thisSession.pse

PYMOL API

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cmd.save(filename[, selection[, state[, format]]])

保存高质量图片

有时候我们需要科研制图,保存高质量如300dpi的图片,新的(2.0)PyMOL版本可以直接在ray的时候进行选择修改,相当方便,如果是用的老版本或者喜欢用命令的朋友,可以使用如下方法:

渲染的时候进行dpi的的更改

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ray 长,宽 

保存的时候进行dpi的更改

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png fileName, dpi=300

当然也可以进行长宽的修改:

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png filename[, width[, height[, dpi[, ray[, quiet]]]]]

其中ray模式表示是否在保存之前进行渲染

如果需要设置透明背景,可以如下操作:

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set ray_opaque_background, 0

例子

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png ~/Desktop/test.png, width=10cm, dpi=300, ray=1

# 渲染
ray 576,576   # 8inch * 72dpi
ray 800,800   # 8inch * 100dpi; or a 4inch * 200 DPI photo; or 1x800.
ray 2400,2400 # 8inch * 300dpi; 6"x400dpi, etc...

PyMOL API

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cmd.png(string filename, int width=0, int height=0, float dpi=-1, int ray=0, int quiet=0)

参考资料:Save

               [Png](https://pymolwiki.org/index.php/Png)
Licensed under CC BY-NC-SA 4.0