Pymol之保存

保存文件

简单的保存笔记，仅个人之用，所以可能有点潦草

PyMOL可以使用save命令：保存 .pdb, .pqr, .mol, .sdf, .pkl, .pkla, .mmd, .out, .dat, .mmod, .pmo, .pov, .png, .pse, .psw, .aln, .fasta, .obj, .mtl, .wrl, .idtf, .dae, or .mol2格式

同样可以保存PyMOL缓存文件.pse

另外还可以保存CLUSTALW类似比对文件.aln

使用

一般格式为

1

save file [,(selection) [,state [,format]] ]

例子

1
2
3
4
5
6
7
8


# 只保存alpha 碳原子
save onlyCAs.pdb, n. CA

# 保存轨迹文件
save myTraj.pdb, myMDTrajectory, state=0

# 保存为PyMOL 缓存文件
save thisSession.pse

PYMOL API

1

cmd.save(filename[, selection[, state[, format]]])

保存高质量图片

有时候我们需要科研制图，保存高质量如300dpi的图片，新的（2.0）PyMOL版本可以直接在ray的时候进行选择修改，相当方便，如果是用的老版本或者喜欢用命令的朋友，可以使用如下方法:

渲染的时候进行dpi的的更改

1

ray 长,宽

保存的时候进行dpi的更改

1

png fileName, dpi=300

当然也可以进行长宽的修改:

1

png filename[, width[, height[, dpi[, ray[, quiet]]]]]

其中ray模式表示是否在保存之前进行渲染

如果需要设置透明背景，可以如下操作:

1

set ray_opaque_background, 0

例子

1
2
3
4
5
6


png ~/Desktop/test.png, width=10cm, dpi=300, ray=1

# 渲染
ray 576,576   # 8inch * 72dpi
ray 800,800   # 8inch * 100dpi; or a 4inch * 200 DPI photo; or 1x800.
ray 2400,2400 # 8inch * 300dpi; 6"x400dpi, etc...

PyMOL API

1

cmd.png(string filename, int width=0, int height=0, float dpi=-1, int ray=0, int quiet=0)

参考资料:Save

               [Png](https://pymolwiki.org/index.php/Png)