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mahotas安装教程

hi!各位好久不见,小伙伴们的科研道路是否顺利。 我的导师告诉我要讲好故事,才能让人觉得生动有趣,所以我今天想用另外一种方式和大家分享今天发现的一个玩意儿

故事的开始是我有一张图片,想计算图片里东西的长宽,如果一个一个数,一个个比,那太费劲了,所以就百度了一下,看一下有什么办法解决没有,然后谷歌到了一个python处理细胞细胞核的工具,觉得自己应该能够用的上(后面和大家分享),进一步挖掘发现他是用的mathotas这个包。

进一步进入github上发现其作者是如下光头男(luispedro): luispedro是一个计算生物科学家(小伙伴们看到这里是否两眼发光),其原来是利用宏基因组分析微生物群体,对其机器学习和数学等打下了非常坚实的基础,现在主要是利用生物图像信息学进行细胞亚定位分析,现在其工作于Murphy Lab

所以小伙伴们有细胞等图像处理的时候可以关注一下这个包,我在后期也会分享一些包的应用给大家。今天仅仅简答介绍一下。

Mahotas 是一个快速的视觉算法的Python包,其主要是用C++写成,速度甚至超过了numpy数组计算操作。

现在有如下算法:

  • watershed
  • convex points calculation
  • hit & miss, thinning
  • Zernike & Haralick, LBP, and TAS features
  • Speeded-Up Robust Features(SURF), a form of local features.
  • thresholding
  • convolution
  • Sobel edge detection
  • spline interpolation
  • SLIC super pixes

现在Mahotas有超过100种的图像程序处理功能和计算机视觉功能,且现在还在增加。

安装

言归正传我,我们简单介绍一下安装方法,最简单的安装方法就是使用conda安装,其中conda加强包(conda-forge)具有mahots

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conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda install mahotas

其他方法包括pip安装

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pip install mahotas

windows 还可以进行包安装,地址为: http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

不过还是建议用conda安装,是否安装成功仅需要import mahotas as mh导入一下看一下是否报错即可

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