Back

Gromacs教程

这些是针对初学者的一些GROMACS教程。没有必要按顺序完成教程,但前两个教程在进入其他教程之前是必不可少的,因为后续教程全部使用了来自教程2的甲烷的结构文件(methane.pdb)和拓扑文件(topol.top)。这些教程是为GROMACS 5.1及更高版本设计的。如果您使用的是旧版本,则某些命令或参数可能已更改。 特别要注意的是,自5.0和更早版本以来,伞状采样的代码已经发生了变化。

要求

我假设你有一些关于命令行的相关知识。具体而言,您应该知道如何创建目录,更改目录,编辑文本文件以及将文件下载到系统中。 当您看到$>时,这是命令行中的提示,并指示您应该输入它后面的文本。 如果命令行对您来说是新手,请考虑通过CodeAcademy教程进行学习。

我还假设你已经在可用的机器上安装了GROMACS。 源代码和安装说明可以在GROMACS文档页面找到。

在整个教程中,我们将使用OPLS(力场)甲烷和TIP4PEW水。

内容

  1. 水 - 建立基础模拟。找出TIP4PEW水的密度。
  2. 一个甲烷在水中 - 如何为分子创建拓扑文件并将其溶剂化。获取径向分布函数。
  3. 几个甲烷在水中 - 如何将多种溶质放入系统中。获得甲烷-甲烷之间的平均力势(PMF)。
  4. 甲烷溶剂化自由能 - 如何在偶联分子时进行自由能模拟。使用MBAR获取结果。
  5. 伞状采样 - 使用pull代码从伞状采样中获得甲烷-甲烷的平均力势。
  6. 测试颗粒插入 - 使用测试颗粒插入获得甲烷的过量化学势。

问题

如果您对翻译有什么问题,可以通过kangsgo at. vip.qq.com发邮件与我联系。如果教程中存在错误或错误,或者如果有什么不清楚的地方,请打开一个问题,我很乐意解决它。 如果您有关于GROMACS的一般问题,请参阅GROMACS文档。 您还可以将关于GROMACS的一般问题通过查阅邮件列表来解决。

Licensed under CC BY-NC-SA 4.0