PLUMED系列-安装教程

转载请联系，且保留链接

PLUMED是许多分子动力学模拟包的插件，主要能进行MD的增强采样或者执行非常多的自由能计算方法。可以使用诸如元动力学，伞形采样和基于 Jarzynski 方程的转向 MD 之类的现有技术来执行自由能计算作为许多次序参数的函数，特别关注生物学问题。模拟的高分文章很多运用了该工具。

下载地址如下: plumed-2.4.1

快速安装

如果你迫不及待的想练手，可以通过如下方法简单野蛮式安装:

1
2
3
4


./configure --prefix=/usr/local
make -j 4
make doc
make install

由于PLUMED需要分析额外的轨迹，同时运行Lennard-Jones 代码，所以需要对模拟的软件进行打补丁，简单的方法如下:

1
2


cd /md/root/dir
plumed patch -p

当然还是建议按照下面的一步一步的来:

推荐安装

安装BLAS与LAPACK

安装PLUMED依赖的blas和lapack包。(虽然PLUMED自带这两个包，但是网站上说为了性能建议自己编译，未测试自己编译使用和使用自带的性能差异)

1
2
3


# 在用户主目录下src下操作
mkdir ~/src
cd ~/src

安装BLAS

1
2
3
4
5
6
7


wget http://www.netlib.org/blas/blas.tgz
tar zxf blas.tgz
# 可能版本有差别
cd BLAS-3.8.0/

# 编译
gfortran -O3 -std=legacy -m64 -fno-second-underscore -fPIC -c *.f

后续工作：

1
2
3
4
5


 
ar r libfblas.a *.o
ranlib libfblas.a
rm -rf *.o      # 清理文件
export BLAS=~/src/BLAS-3.8.0/libfblas.a # 导出BLAS环境变量

安装LAPACK

1
2
3
4


wget http://www.netlib.org/lapack/lapack.tgz
tar zxf lapack.tgz
# 可能版本有差别
cd lapack-3.8.0/

编译:

1

cp INSTALL/make.inc.gfortran make.inc

编辑make.inc文件，大致修改为如下:

 1
 2
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
10


FORTRAN = gfortran
OPTS    = -O2 -frecursive -fPIC -m64
DRVOPTS = $(OPTS)
NOOPT   = -O0 -frecursive -fPIC -m64

#  Define LOADER and LOADOPTS to refer to the loader and desired
#  load options for your machine.
#
LOADER   = gfortran
LOADOPTS =

编译:

1

make lapacklib

后续工作

1
2


make clean      # 清理文件
export LAPACK=~/src/lapack-3.8.0/   # 导出LAPACK环境变量

正式安装

1
2


tar xzf plumed-2.4.1.tgz
cd plumed-2.4.1

完整的参数可以使用如下命令:

1

./configure --help

官方建议安装在默认预定义位置

1
2
3
4


./configure 
sudo make -j 4
make check
sudo make install

当然也可以修改路径:

1
2
3
4


./configure  --prefix=$HOME/opt
make -j 4 #核数
make check
make install

设置环境变量:安装后有设置环境变量提示，里面说直接运行如下tcl脚本即可，但我尝试了未成功

1
2


To create a tcl module that sets all the variables above, use this one as a starting point:
@patch/plumed/modulefile

我使用的设置如下:

 1
 2
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
10


# plumed
# PLUMED2_HOME内容需要修改成自己的
export PLUMED2_HOME=/to/pacth/plumed
export PATH=$PLUMED2_HOME/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$PLUMED2_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PKG_CONFIG_PATH=$PLUMED2_HOME/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
export PLUMED_VIMPATH=$PLUMED2_HOME/vim:$PLUMED_VIMPATH
export INCLUDE=$PLUMED2_HOME/include:$INCLUDE
# 若开启了时间计算，需要增加
export PLUMED_USE_LEPTON=yes

仅供参考

卸载

在plumed的安装目录执行如下:

1

sudo make uninstall

更新MD包

现在plumed默认支持如下包(还有一些可以靠插件解决，详情见官网):

amber14
gromacs-2016-5
gromacs-2018-1
gromacs-4-5-7
gromacs-5-1-4
lammps-6Apr13
namd-2-8
namd-2-9
qespresso-5-0-2
qespresso-6-2

方法很简单，在MD安装的根目录，执行:

1

plumed patch -p

!!!!之前安装的话需要重新安装!!!!

在这里简单介绍gromacs的重新安装,具体可以查看之前的文章

1
2
3
4


cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_MPI=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/yaolab/install/gromacs
make -j 4
make check
make install

最后设置环境变量

安装中可能遇到的问题

./configure 时有可能出现如下警告:

1

WARNING: You might have problems linking FORTRAN programs.

但是这个警告是没有关系的，除非你想通过FORTRAN来进行plumed patch --static，那么可以使用参考资料7来进行解决.一般情况下是不需要修改的

简单的总结解决办法就是搜索:libstdc++.so或者libc++.so,在编译的时候设置: LDFLAGS=-L@path其中@path为路径

注意:若mpi为自己安装在自己的用户目录的话，那么sudo mpic++可能会提示找不到，那样的话需要sudoers中增加你的openmpi路径，例如我的:

1

/home/kangsgo/install/openmpi/bin/

具体可以参考参考资料2-5

我在执行make check时结果如下:

我认为是正常的，因为部分模块默认是没有编译的,具体可以参考参考资料8

参考资料: