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PLUMED系列-MOLINFO阅读分子

转载请联系,且保留链接

翻译自:MOLINFO

目标

此命令主要是提供使用信息在已存在的系统中

流程

plumed提供了三种识别不同的残基模式:MOLTYPE=protein,MOLTYPE=rna,MOLTYPE=dna MOLINFO进行蛋白或者核酸pdb文件操作可以使用@特征符:

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@"definition"-chainresiduenum
@"definition"-residuenum

例子如下:

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@psi-1 will select the atoms defining the psi torsion of residue 1
@psi-C1 will define the same torsion for residue 1 of chain C.

下面列出现在可用的 “definition” 对于蛋白残基

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@phi-#
@psi-#
@omega-#
@chi1-#

选择合适的残基,定义每个残基#的二面角

对于DNA或者RNA,下面的组是可用的:

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# quadruplets for backbone dihedral angles
@alpha-#
@beta-#
@gamma-#
@delta-#
@epsilon-#
@zeta-#

# quadruplets for sugar dihedral angles
@v0-#
@v1-#
@v2-#
@v3-#
@v4-#

# quadruplet corresponding to the chi torsional angle
@chi-#

# backbone, sugar, and base heavy atoms
@back-#
@sugar-#
@base-#

# ordered triplets of atoms on the 6-membered ring of nucleobases
# namely:
#  C2/C4/C6 for pyrimidines
#  C2/C6/C4 for purines
@lcs-#

当然也可以使用单原子@atom-chainresiduenum or @atom-residuenum.

例子

此命令提供蛋白哪些原子为骨架:

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MOLINFO STRUCTURE=reference.pdb
ALPHARMSD RESIDUES=all TYPE=DRMSD LESS_THAN={RATIONAL R_0=0.08 NN=8 MM=12} LABEL=a

下面的例子为打印GC Watson-Crick 配对的氢键练习

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MOLINFO STRUCTURE=reference.pdb
hb1: DISTANCE ATOMS=@N2-1,@O2-14
hb2: DISTANCE ATOMS=@N1-1,@N3-14
hb3: DISTANCE ATOMS=@O6-1,@N4-14
PRINT ARG=hb1,hb2,hb3

下面的例子为计算转角:

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MOLINFO MOLTYPE=protein STRUCTURE=myprotein.pdb
t1: TORSION ATOMS=@phi-3
t2: TORSION ATOMS=@psi-4
PRINT ARG=t1,t2 FILE=colvar STRIDE=10

简单说明:@phi-3告诉plumed你需要计算第三个蛋白残基的phi角,类似的@psi-4告诉plumed你需要计算第四个蛋白残基的psi角