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g_mmpbsa 安装与使用笔记

g_mmpbsa现在可以不编译直接用,非常的方便,现在提供了4.5.x,4.6.x和5.0.x三个版本,暂时不支持5.1以上版本。

1.安装教程

先从这里下载预编译版本

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tar -zxvf g_mmpbsa.tar.gz
cd bin
sudo cp g_mmpbsa /usr/local/bin/.
sudo cp energy2bfac /usr/local/bin/.

也可以设置环境变量:

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export PATH=${PATH}:/path/to/g_mmpbsa/bin

2.使用

2.1 轨迹处理

由于在计算能量过程中,是按照每ps来计算,特别费时,所以需要用trjconv把轨迹文件,通过-skip参数设置每隔多长时间读取一次轨迹,如:

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gmx trjconv -f md_0_1.xtc -o trj_20-50ns -b 20000 -e 50000 -dt 100

我这里总共获得了300个frame

现在g_mmpbs提供了3步计算和1步计算两种方法

2.2 三步计算(由于我是使用的一步计算法,所以这里是直接复制)

(a) Calculation of potential energy in Vacuum

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g_mmpbsa -f 1EBZ.xtc -s 1EBZ.tpr -n 1EBZ.ndx -pdie 2 -decomp

(b) Calculation of polar solvation energy

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g_mmpbsa -f 1EBZ.xtc -s 1EBZ.tpr -n 1EBZ.ndx -i ../polar.mdp -nomme -pbsa -decomp

(c) Calculation of non-polar solvation energy

For SASA-only model:

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g_mmpbsa -f 1EBZ.xtc -s 1EBZ.tpr -n 1EBZ.ndx -i ../apolar_sasa.mdp -nomme -pbsa -decomp -apol sasa.xvg -apcon sasa_contrib.dat

For SAV-only model:

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g_mmpbsa -f 1EBZ.xtc -s 1EBZ.tpr -n 1EBZ.ndx -i ../apolar_sav.mdp -nomme -pbsa -decomp -apol sav.xvg -apcon sav_contrib.dat

2.3 一步计算

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g_mmpbsa -f  trj20-50ns.xtc -s npt.tpr -n index.ndx -i canshu/pbsa.mdp -pdie 2 -pbsa -decomp

使用的是三步计算的SASA模型

注意:一般跑100个frame就可以了,我就是红色部分打错了,结果非常悲剧的跑了一天还没跑完(相当于30000个frame

使用的mdp文件来自于官方教程,我打包上传在这里,具体的相关含义官方有详细解释,我并未研究。

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选择1|13  蛋白质和配体

跑完以后应该会得到如下文件:

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3.平均结合能计算

3.1 安装numby

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sudo apt-get install python3-numpy

提示建议安装

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sudo apt-get install python-numpy-doc python3-dev python3-nose python3-numpy-dbg

但是我没有安装

3.2 下载脚本自实验目录

下载官方的脚本。只需要下载两个,但是官方提供了4个,另外两个有待研究

点击这里下载我下载好的脚本:jiaoben

脚本参数使用可以看这里:官方参数使用

3.3 计算

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python3 MmPbSaStat.py -m energy_MM.xvg -p polar.xvg -a apolar.xvg (or sasa.xvg)

其中括号以内取决于你的模型,若是一步法则为apolar.xvg

我的到的结果如下:

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得到的文件主要是两个date

4.能量拆分

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python3 MmPbSaDecomp.py -bs -nbs 2000 -m contrib_MM.dat -p contrib_pol.dat -a contrib_apol.dat

其中-nbs 2000 的解释为:

Number of boot strap steps for average energy and standard error calculation.

但是具体含义不清楚

我得到的能量拆分图:

energyMapIn

建议复制文本用excel做,好看一些

 

参考文献:GROMACS 中 g_mmpbsa 工具使用详解

g_mmpbsa官方教程

 

 

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