g_mmpbsa现在可以不编译直接用,非常的方便,现在提供了4.5.x,4.6.x和5.0.x三个版本,暂时不支持5.1以上版本。
1.安装教程
先从这里下载预编译版本
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也可以设置环境变量:
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2.使用
2.1 轨迹处理
由于在计算能量过程中,是按照每ps来计算,特别费时,所以需要用trjconv把轨迹文件,通过-skip参数设置每隔多长时间读取一次轨迹,如:
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我这里总共获得了300个frame
现在g_mmpbs提供了3步计算和1步计算两种方法
2.2 三步计算(由于我是使用的一步计算法,所以这里是直接复制)
(a) Calculation of potential energy in Vacuum
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(b) Calculation of polar solvation energy
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(c) Calculation of non-polar solvation energy
For SASA-only model:
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For SAV-only model:
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2.3 一步计算
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使用的是三步计算的SASA模型
注意:一般跑100个frame就可以了,我就是红色部分打错了,结果非常悲剧的跑了一天还没跑完(相当于30000个frame
)
使用的mdp文件来自于官方教程,我打包上传在这里,具体的相关含义官方有详细解释,我并未研究。
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跑完以后应该会得到如下文件:
3.平均结合能计算
3.1 安装numby
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提示建议安装
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但是我没有安装
3.2 下载脚本自实验目录
下载官方的脚本。只需要下载两个,但是官方提供了4个,另外两个有待研究
点击这里下载我下载好的脚本:jiaoben
脚本参数使用可以看这里:官方参数使用
3.3 计算
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其中括号以内取决于你的模型,若是一步法则为apolar.xvg
我的到的结果如下:
得到的文件主要是两个date
4.能量拆分
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其中-nbs 2000 的解释为:
Number of boot strap steps for average energy and standard error calculation.
但是具体含义不清楚
我得到的能量拆分图:
建议复制文本用excel做,好看一些
参考文献:GROMACS 中 g_mmpbsa 工具使用详解