好久没有使用Dock了，不知不觉中已经更新到了6.8。首先需要在官网填写资料下载:http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/index.htm 每个邮箱可以登陆5次，不过用完了可以新用一个邮箱，申请过的邮箱不能再次申请，需要发邮件或者重新使用一个邮箱。
安装方法也非常简单，如下:
1.安装依赖环境
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sudo apt-get install c++
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install cmake
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2.解压文件进入目录
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tar -zxvf dock.6.8.tar.gz
cd dock6/install
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./configure [configuration file]
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[configuration file]完整的可以看官方教程
http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/dock6_manual.htm#Installation
这里介绍几个常用的:
gnu : GNU编译（需要CUDA？）
gnu.parallel :GNU和多线程编译
intel :Intel编译
intel.parallel :Intel多线程编译
我选择的是gnu版本，即
4.安装
5.测试
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cd test
make test
make check
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如果安装了maber的话，由于$AMBERHOME被占用，会导致ambersize测试失败。大致提示如下:
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> make[2]: Leaving directory '/home/rdx12/Downloads/dock6/dock6
> Apr/install/test/zou_gbsa_score'
>
> cd amber_score_181l && make test
>
> make[2]: Entering directory '/home/rdx12/Downloads/dock6/dock6
> Apr/install/test/amber_score_181l'
>
> ../../../bin/prepare_amber.pl lig.mol2 181l.pdb
>
> Error from amberize_receptor; examine amberize_receptor.out
>
> ../default_targets.h:18: recipe for target 'amberize' failed
>
> make[2]: *** [amberize] Error 25
>
> make[2]: Leaving directory '/home/rdx12/Downloads/dock6/dock6
> Apr/install/test/amber_score_181l'
>
> Makefile:43: recipe for target 'amberdock' failed
> make[1]: *** [amberdock] Error 2
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你需要解掉变量
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unset AMBERHOME #(bash)
unsetenv AMBERHOME #(tcsh)
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6.设置环境变量
常规的设置环境变量如下:
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gedit ~/.bashrc #打开.bashrc
#DOCK6.8
export PATH=$PATH:/home/kangsgo/install/dock6/bin
source ~/.bashrc #source立即生效
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查看可以发现dock6.8自带了antechamber等一些amber里也有的东西,不知道会不会产生问题，我仅仅设置了一个DOCK目录
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gedit ~/.bashrc #打开.bashrc
#DOCK6.8
DOCKHOME=/home/kangsgo/install/dock6/bin
source ~/.bashrc #source立即生效
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这样每次输入的时候都是用的$DOCKHOME加命令