Back

Dock6安装教程

好久没有使用Dock了,不知不觉中已经更新到了6.8。首先需要在官网填写资料下载:http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/index.htm 每个邮箱可以登陆5次,不过用完了可以新用一个邮箱,申请过的邮箱不能再次申请,需要发邮件或者重新使用一个邮箱。

dock

安装方法也非常简单,如下:

1.安装依赖环境

1
2
3
4
sudo apt-get install c++
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install cmake

2.解压文件进入目录

1
2
tar -zxvf dock.6.8.tar.gz
cd dock6/install

3.设置Configure文件

1
./configure [configuration file]

[configuration file]完整的可以看官方教程 http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/dock6_manual.htm#Installation

这里介绍几个常用的: gnu : GNU编译(需要CUDA?) gnu.parallel :GNU和多线程编译 intel :Intel编译 intel.parallel :Intel多线程编译

我选择的是gnu版本,即

1
./configure gnu

4.安装

1
make all

5.测试

1
2
3
cd test
make test
make check

如果安装了maber的话,由于$AMBERHOME被占用,会导致ambersize测试失败。大致提示如下:

 1
 2
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
> make[2]: Leaving directory '/home/rdx12/Downloads/dock6/dock6
> Apr/install/test/zou_gbsa_score'
> 
> cd amber_score_181l && make test
> 
> make[2]: Entering directory '/home/rdx12/Downloads/dock6/dock6
> Apr/install/test/amber_score_181l'
> 
> ../../../bin/prepare_amber.pl lig.mol2 181l.pdb
> 
> Error from amberize_receptor; examine amberize_receptor.out
> 
> ../default_targets.h:18: recipe for target 'amberize' failed
> 
> make[2]: *** [amberize] Error 25
> 
> make[2]: Leaving directory '/home/rdx12/Downloads/dock6/dock6
> Apr/install/test/amber_score_181l'
> 
> Makefile:43: recipe for target 'amberdock' failed
> make[1]: *** [amberdock] Error 2

你需要解掉变量

1
2
unset AMBERHOME #(bash)
unsetenv AMBERHOME #(tcsh)

6.设置环境变量

常规的设置环境变量如下:

1
2
3
4
5
6
gedit  ~/.bashrc      #打开.bashrc  
  
#DOCK6.8  
export PATH=$PATH:/home/kangsgo/install/dock6/bin
  
source ~/.bashrc      #source立即生效  

查看可以发现dock6.8自带了antechamber等一些amber里也有的东西,不知道会不会产生问题,我仅仅设置了一个DOCK目录

1
2
3
4
5
6
gedit  ~/.bashrc      #打开.bashrc  
  
#DOCK6.8  
DOCKHOME=/home/kangsgo/install/dock6/bin 
  
source ~/.bashrc      #source立即生效  

这样每次输入的时候都是用的$DOCKHOME加命令