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smina安装与简介

概要

smina 是基于Autodock Vina的软件,主要聚焦于提升算法和最小化。主要的改变包括:

  • 通过OpenBabel提供能多的配体分子格式
  • 支持多配体文件
  • 增加术语类型(例如:去溶剂化能,静电势能)
  • 支持用户自定义得分参数和得分功能
  • 基于特异的结合配体自动计算盒子
  • 允许输出超过20个对接姿势
  • 提升了最小化算法

*如果配体不是pdbqt格式,那么在文件中需要局部电荷。完成这项工作在OpenBabel和AutoDock Tools中的prepare_ligand4.py脚本中会有不同的结果。

静态编译文件提供了openbabel和boost(1.5.4),但是要求内核高于2.6.24

Ubuntu下安装

首先在网站上下载smina.static文件。

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sudo cp smina.static /usr/local/bin/smina

然后可以输入smina --help查看预编译版本是否可用

输入文件简介

输入:

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# arg表示该参数后面需要加参数
 -r [--receptor] arg刚性受体(PDBQT)
 --flex arg      柔性侧链(PDBQT)
 -l [--ligand] arg  配体(s)
 --flexres arg  特别的柔性侧链,通过逗号分隔 chain:resid
 --flexdist_ligand arg 用于flexdist的配体
 --flexdist arg  该参数表示flexdist配体多少距离以内设为柔性配体

 搜寻空间 (required):
  --center_x arg        X中心坐标
  --center_y arg        Y中心坐标
  --center_z arg        Z中心坐标
  --size_x arg          X尺寸大小 (Angstroms)
  --size_y arg          Y尺寸大小 (Angstroms)
  --size_z arg          Z尺寸大小 (Angstroms)
  --autobox_ligand arg  自动创建盒子的配体
  --autobox_add arg     若为自动创建盒子,那么缓冲空间的数量,默认为+4
  --no_lig              无配体;对于取样/最小化柔性残基

评分和最小化设置:
  --custom_scoring arg         自定义得分文件
  --score_only                 配体姿势得分
  --local_only                 使用盒子进行局部搜索 (可能需要附带使用 --minimize)
  --minimize                   能量最小化
  --randomize_only             生成随机姿势,避免空间位阻
  --minimize_iters arg (=0)    最陡下降法迭代数量,默认值是无法收敛的,我用的ahr为5000,可以用gmx等软件查看收敛系数
  --accurate_line              使用精确的线性搜索
  --minimize_early_term        S最小化搜索的终止能量 
  --approximation arg          使用的近似 (linear, spline, or exact)
  --factor arg                 近似因子: finer-grained效果较好
  --force_cap arg              最大允许力,低值对于最小化clashing结构更好
  --user_grid arg              用户计算若需要用到的格点文件Autodock map 文件
  --user_grid_lambda arg (=-1) 缩放user_grid和功能得分
  --print_terms                打印所有项目和默认值
  --print_atom_types           打印所有可用原子类型

输出设置 (optional):
  -o [ --out ] arg      输出文件,格式根据后缀来
  --out_flex arg        对于柔性残基的输出文件
  --log arg             可设置的log文件
  --atom_terms arg      可设置的输出每个残基的联系值
  --atom_term_data      封装每个残基的联系值进入sd数据

Misc (optional):
  --cpu arg                  使用的cpu数量,默认全使用
  --seed arg                 随机种子
  --exhaustiveness arg (=8)  用尽一切的全局搜索
  --num_modes arg (=9)      最大结合模式生成数量
  --energy_range arg (=3)   最好和最低结合之间的数值设置(kcal/mol)
  --min_rmsd_filter arg (=1) rmsd阈值
  -q [ --quiet ]             禁止输出消息
  --addH arg                 自动加氢(默认是执行的)
  --flex_hydrogens           开启氢键转角

设置文件 (optional):
  --config arg          以上的设置可以放入这个文件

信息 (optional):
  --help                展示帮助
  --help_hidden         展示包含隐藏设置的帮助
  --version             版本

具体的分子对接待编辑 未完待续