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Pymol插件:Autodock/Vina

大家知道在AutoDockTools中使用AutoDock Vina特别的复杂,但是Pymol这个插件非常的好用,可以代替AutoDockTools的使用,但是需要注意以下几点:

1. 该插件能正常使用的前提是:已经正常安装ADT/AutoDockTools;已经下载并安装AutoDock 和/或 AutoDock Vina。

2. 该插件的功能只是为AutoDock及AutoDock的运行提供一个图形用户界面(GUI),本身并无对接功能。

3. 在大多数情况下,你可能在安装autodock.py并重启后,并未在插件中见到Autodock/Vina这一栏,却在PyMOL的命令行窗口见到错误信息,显示“no NumPy module"之类的字眼。这说明在你的计算机中还未安装Numpy模块,只需再去下载安装该模块即可。下载的地址为http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/,但是这里还需要说明的一点是,因为NumPy模块是和Python的版本挂钩的,所以最好下载和你使用的PyMOL配套的那个Python版本的NumPy,安装时选择该Python的安装路径(一般默认即可)。

4. 如果你已经正常的完成了上面的步骤,那么现在就可以开始在PyMOL中使用AutoDock和AutoDock Vina了:打开PyMol,在菜单栏选择Plugin > Autodock/Vina 但是我推荐使用集成了LeDock插件的AutoDock修饰插件,这样在使用LeDock时就不需要额外再装了。我这里下载了分享给大家

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原版插件:点我下载

集成了LeDock盒子分析:点我下载

参考文章:pyMOL插件6-Autodock plugin