大家知道在AutoDockTools中使用AutoDock Vina特别的复杂，但是Pymol这个插件非常的好用，可以代替AutoDockTools的使用，但是需要注意以下几点：
1. 该插件能正常使用的前提是：已经正常安装ADT/AutoDockTools；已经下载并安装AutoDock 和/或 AutoDock Vina。
2. 该插件的功能只是为AutoDock及AutoDock的运行提供一个图形用户界面（GUI），本身并无对接功能。
3. 在大多数情况下，你可能在安装autodock.py并重启后，并未在插件中见到Autodock/Vina这一栏，却在PyMOL的命令行窗口见到错误信息，显示“no NumPy module"之类的字眼。这说明在你的计算机中还未安装Numpy模块，只需再去下载安装该模块即可。下载的地址为http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/，但是这里还需要说明的一点是，因为NumPy模块是和Python的版本挂钩的，所以最好下载和你使用的PyMOL配套的那个Python版本的NumPy，安装时选择该Python的安装路径（一般默认即可）。
4. 如果你已经正常的完成了上面的步骤，那么现在就可以开始在PyMOL中使用AutoDock和AutoDock Vina了：打开PyMol，在菜单栏选择Plugin > Autodock/Vina 但是我推荐使用集成了LeDock插件的AutoDock修饰插件，这样在使用LeDock时就不需要额外再装了。我这里下载了分享给大家
原版插件：点我下载
集成了LeDock盒子分析：点我下载