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[读书笔记]高分分子模拟文章

标题:Molecular Dynamics and QM/MM Calculations predict the Substrate-Induced Gating of Cytochrome P450 BM3 and the Regio and Stereo-selctivity of Fatty Acid Hydroxylation

摘要:通过scratch理论预测酶的活性。我们发现MD模拟和QM/MM计算脂肪酸羟化酶P450-BM3,预测脂肪酸激酶结合机制,其enantio/regio-selective 羟化反应通过激活种属酶??,复合物Ⅰ.MD模拟展示底物进入设计氢键联系(Pro25,Glu43和Leu188),其诱导一个非常大的构象重排,通过拖拽A螺旋,β1折叠和F/G 环关闭底层通道.接下来,在底层通道的底部,残基Phe87控制位置选择通过限制底层链的卷缩(curl up)和并排复合物Ⅰ的CH2位置ω-1/ω-2/ω-3,同时阻止进入最末位置,ω-CH3. Phe87 控制构象选择性通过对映选择阻碍pro-S C-H 键,因此偏爱R-羟化作用。实际上,MD模拟突变Phe87Ala提示显著的ω-强化作用。研究发现,这远远超过了x-ray 结构的数据,阐述理论预测能力和其洞察力,能够潜在的使用作为实验的一部分对于P450-BM3最终位点选择C-H功能化能力。

|翻译的很差····主要是给自己看的|

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