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[译]ProDy项目简介

ProDy项目

ProDy是一个自由并且开源的python工具包,用来进行蛋白质结构模拟分析。其设计作为一个柔性的并且具有API的套件,可以交互式的使用及应用发展。

结构分析

ProDy能够快速灵活的读取PDB和DCD文件,使用具有强大和可定义的原子选择性,快速执行的新方法。

动力学分析

能够完成如下主成分分析:

  1. X-ray结构异构体(残基缺失,突变)

  2. Blast搜索混合物结构数据

  3. NMR模型和MD快照(本质动力学分析) 能够完成如下正常模型分析:

  4. 异向性网络模型(ANM)

  5. 高斯(Gaussian)网络模型(GNM)

  6. ANM/GNM通过取决于力函数的距离与性质 动力学来自实验数据,理论模型和模拟使用NMWiz进行可视化

安装方法:

安装ProDy和Evol可以使用pip,pip install -U ProDy,或者使用编译的方法

译着注:国外的python下载较慢,建议更换为豆瓣源或者阿里云源,点我查看如何更换

参考文献:

Bakan A, Meireles LM, Bahar I ProDy: Protein Dynamics Inferred from Theory and Experiments 2011 Bioinformatics 27(11):1575-1577 Bakan A, Dutta A, Mao W, Liu Y, Chennubhotla C, Lezon TR, Bahar I Evol and ProDy for Bridging Protein Sequence Evolution and Structural Dynamics 2014 Bioinformatics 30(18):2681-2683

Licensed under CC BY-NC-SA 4.0