1.安装
推荐使用conda安装
|
|
2. 数据结构
2.1 Universe(宇宙)
universe主要是用来加载原子组和轨迹文件,可以说是一切的伊始。
主要加载两个部分,第一个是加载原子和坐标文件如PDB
或者 GRO
文件
Universe方法接收topology参数和trajectory参数
使用可以查看如下例子:
|
|
可以看到输出的其实就是轨迹文件:
|
|
加载轨迹:
|
|
输出如下(ipynb文件中):
|
|
里面包含了有多少帧轨迹和原子数目
|
|
可以尝试打印轨迹时间。
2.2 原子选择
原子选择主要使用CHARMM方法
|
|
2.2.1 简单选择
protein,backbone,nucleic,nucleicbackbone:
segid seg-name:
segid 4AKE
resid residue-number-range
resid 1:5
resnum resnum-number-range
resname residue-name
选择残基名称:resname LYS
name atom-name
Example: name CA
(C&\alpha; atoms) name OW
(SPC水氧)
type atom-type
atom seg-name residue-number atom-name
altLoc alternative-location
chainID chain-name
element element-name
moltype molecule-type
2.2.2 匹配模式
?
;*
;[seq]
; [!seq]
2.2.3 布尔值
not
and,or
2.2.4 几何
around distance selection
point x y z distance
prop [abs] property operator value