Mdanalysis 文档学习笔记

1.安装

推荐使用conda安装

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conda create --name mdanalysis
#windows 下
conda actiavte mdanalysis
#安装
conda install -c conda-forge mdanalysis
#推荐安装测试包
conda install -c conda-forge MDAnalysisTests
conda install -c conda-forge mdanalysisdata

2. 数据结构

2.1 Universe(宇宙)

universe主要是用来加载原子组和轨迹文件,可以说是一切的伊始。

主要加载两个部分,第一个是加载原子和坐标文件如PDB或者 GRO文件

Universe方法接收topology参数和trajectory参数

使用可以查看如下例子:

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#加载
import MDAnalysis as mda
from MDAnalysis.tests.datafiles import PDB,GRO,XTC
#查看测试数据中导入的内容
print(PDB)
print(GRO)
print(XTC)

可以看到输出的其实就是轨迹文件:

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D:\install\anconda\envs\mdanalysis\lib\site-packages\MDAnalysisTests\data\adk_oplsaa.pdb
D:\install\anconda\envs\mdanalysis\lib\site-packages\MDAnalysisTests\data\adk_oplsaa.gro
D:\install\anconda\envs\mdanalysis\lib\site-packages\MDAnalysisTests\data\adk_oplsaa.xtc

加载轨迹:

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u1 = mda.Universe(GRO,XTC)
#查看轨迹信息
u1.trajectory

输出如下(ipynb文件中):

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<XTCReader D:\install\anconda\envs\mdanalysis\lib\site-packages\MDAnalysisTests\data\adk_oplsaa.xtc with 10 frames of 47681 atoms>

里面包含了有多少帧轨迹和原子数目

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for ts in u1.trajectory:
    print(int(ts.time))

可以尝试打印轨迹时间。

2.2 原子选择

原子选择主要使用CHARMM方法

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ag = u1.select_atoms("name N")

2.2.1 简单选择

protein,backbone,nucleic,nucleicbackbone:

segid seg-name:

segid 4AKE

resid residue-number-range

resid 1:5

resnum resnum-number-range

resname residue-name

​ 选择残基名称:resname LYS

name atom-name

​ Example: name CA(C&\alpha; atoms) name OW(SPC水氧)

type atom-type

atom seg-name residue-number atom-name

altLoc alternative-location

chainID chain-name

element element-name

moltype molecule-type

2.2.2 匹配模式

? ;* ;[seq]; [!seq]

2.2.3 布尔值

not

and,or

2.2.4 几何

around distance selection

point x y z distance

prop [abs] property operator value

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