Collective MD (coMD)
coMD是一个混合的方法，采用VMD插件设计，具有高效的构型改变。ENM模型选择通过 Monte Carlo/Metropolis算法用以加速MD轨迹（Gur et. al,2013）CoMD能够用以评价构象景观（Gur et.al,2015）
功能
- coMD能够被用来
- 采样构象空间接近自然状态和亚状态
- 在已知的构象之间生成迁移路径
- 获得信息在全局动力学层面上的原子分辨率
- 生成能量景观在主坐标的空间上
下载
coMD插件文件能够被获得通过Geeing coMD
参考文献
Gur M, Madura DJ, Bahar I Global Transitions of Proteins Explored by a Multiscale Hybrid Methodology: Application to Adenylate Kinase 2013 Biophys J 105(7):1643-1652. Gur M, Zomot E, Cheng MH, Bahar I. Energy Landscape of LeuT from Molecular Simulations. 2015 J Chem Phys 143(24):243134.