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[译]coMD项目简介

Collective MD (coMD)

coMD是一个混合的方法,采用VMD插件设计,具有高效的构型改变。ENM模型选择通过 Monte Carlo/Metropolis算法用以加速MD轨迹(Gur et. al,2013)CoMD能够用以评价构象景观(Gur et.al,2015)

功能

  1. coMD能够被用来
  2. 采样构象空间接近自然状态和亚状态
  3. 在已知的构象之间生成迁移路径
  4. 获得信息在全局动力学层面上的原子分辨率
  5. 生成能量景观在主坐标的空间上

下载

coMD插件文件能够被获得通过Geeing coMD

参考文献

Gur M, Madura DJ, Bahar I Global Transitions of Proteins Explored by a Multiscale Hybrid Methodology: Application to Adenylate Kinase 2013 Biophys J 105(7):1643-1652. Gur M, Zomot E, Cheng MH, Bahar I. Energy Landscape of LeuT from Molecular Simulations. 2015 J Chem Phys 143(24):243134.

 

Licensed under CC BY-NC-SA 4.0