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计算氨基酸残基保守性工具

这个是帮师妹写的一个用于处理clusta序列比对的处理脚本,对序列比对的结果进行处理,统计出所有位置上对应的氨基酸残基种类数目,从而得出哪些位置为保守的,哪些位置为不保守的(种类数目越多,认为是不保守位置)

使用方法如下:

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Usage: aln.py [options] arg

Options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -n NUMPROTEIN, --num=NUMPROTEIN
                        设置序列比对中蛋白数量
  -p PARAGRAPH, --paragraph=PARAGRAPH
                        设置一共有多少段内容
  -f PATHFILE, --file=PATHFILE
                        设置读入文件路径
  -s SAVEFILE, --save=SAVEFILE
                        设置保存文件名

例如:

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python .\aln.py -n 100 -p 16 -f .\seqdump.aln -s .\save.csv

结果可用统计软件进行处理

脚本下载:  aln

Licensed under CC BY-NC-SA 4.0