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一个快速修改PDB中残基编号的脚本

不知道他家有没有遇到一个这样的问题,比如我同源建模构建了氨基酸序列200-300的蛋白,但是其建模后蛋白还是会从1开始标注,这在一些绘图和分析的时候非常不方便,需要计算相应的残基编号的改变。又比如晶体结构或者蛋白存在一些缺失,使得残基序列发生跳段,遗憾的是同源建模并不能使得其智能的残基序列跳段,以前我一直使用的是Wincoot,但是安装比较麻烦,而且为了这么一功能安装这么大的网站有点“大材小用”。故写了这么一个献丑的小工具。

使用方法(python 3.6测试可用):

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python residueid.py -h

示例:

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python residueid.py -f gfp.pdb -n 65 -a 3 -s 23 -na -1406

脚本下载地址:

https://pan.baidu.com/s/1i5QmkSl

Licensed under CC BY-NC-SA 4.0