王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:07:29 @吴萌@上海 ,取残基中两个特定原子间的距离可以吗，比如alpha碳，如果是残基质心的话，我觉得需要自己动手写脚本 吴萌@上海(2425896046) 9:10:25 我想分析的是两个residue间的距离随时间的变化情况 王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:11:53 每个残基好多原子，怎么定义残基距离呢 赵红霞@南京(763348803) 9:12:19 先分别找到两个residue的质心，再测量两个质心的距离随模拟时间的变化。 王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:12:58 这个测量有现成选项吗 赵红霞@南京(763348803) 9:13:14 原理是这样，具体操作就不会了 王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:13:49 最好有现成脚本， 吴萌@上海(2425896046) 9:14:10 我昨天用了distance，我引用了ndx，然后选择了分组，就是选好了要测的氨基酸，但选好后停那了，没有得到我想输出的文件 蒲中机@大连(1530547071) 9:14:20 gmx distance 可以 蒲中机@大连(1530547071) 9:14:35 肯定能完成的 王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:15:14 好，去试试 张鲁格@济宁(374248600) 9:15:14 对 赵红霞@南京(763348803) 9:15:28 应该有一个选质心的过程吧 吴萌@上海(2425896046) 9:15:29 @赵红霞@南京 怎么找质心 赵红霞@南京(763348803) 9:16:06 我先前在MS里是这么做的，gromacs还刚刚摸索呢 阮洋@南京(1532014681) 9:23:05 或者是g_dist，用质心，输出的结果，编程处理一下 康文斌@南京(407747533) 9:23:38 求残基距离有很多的方法：1、可以参考US例子中的方法2、你可以定义bond 康文斌@南京(407747533) 9:24:51 gmx distance -s pull.tpr -f conf${i}.gro -n index.ndx -select ‘com of group 19 plus com of group 20’ -oav dist${i}.xvg&>/dev/null 康文斌@南京(407747533) 9:25:05 改改这个是一种方法 康文斌@南京(407747533) 9:27:23 选择你关心的原子做为两个组 康文斌@南京(407747533) 9:28:53 还有一个大家可以关心PLUMED，这个可以做的事更多。其中有些工具可以实现你想计算的物理量。