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不同软件中参数单位

看了贾壮老师的博文Gromacs中添加CHARMM力场发现不同软件的力场数值是不一样的,进一步分析可以发现就是单位的变化导致的,所以在这里总(chao)结(xi)常用的力场软件使用的单位。

以下是常用的单元系统

UnitSystem         Length unit     Mass unit     Time unit     Charge unit  Temperature    Amount unit   Energy unit

si_unit_system          meters           kilograms        second        Ampere         Kelvin                  mole              joule

cgs_unit_system      centimeters      gram              second       Ampere          Kelvin                   mole          1e-7 joule

md_unit_system     nanometers      daltons       picosecond    q electron      Kelvin                    mole             kilojoule

planck_unit_system     pl. length     pl.  mass    pl.  time     pl. charge   pl. temperature         item               pl. energy

akma_unit_system     angstroms      daltons       akma time    q  electron    Kelvin                   mole              kilocalorie

以下为常用软件以及其单元系统:

软 件                              单元系统

AMBER                          akma_unit_system

CHARMM                       akma_unit_system

Tinker                           akma_unit_system

Desmond                       akma_unit_system

LAMMPS                        akma_unit_system

NAMD                            akma_unit_system

AceMD                           akma_unit_system

OpenMM                          md_unit_system

Gromacs                          md_unit_system

Gromos                            md_unit_system

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