Open Babel是一个非常优秀的支持多种分子格式的开源软件，同时可以进行2D 3D格式的转换，也可以编写脚本。编译安装方法如下：

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解压缩：

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$ tar zxf openbabel-2.3.2.tar.gz # (this creates openbabel-2.3.2)
$ mkdir build

cmake构建软件：

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$ cd  build
$ cmake ../openbabel-2.3.2

如果你需要特别的设置，则需要-D来进行设置，-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=~/Tools  -DCMAKE_BUILD_TYPE=DEBUG  两个设置一个设置目录，一个设置类型，自我感觉没有必要使用

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make /make -j ｛num｝    # ｛num｝表示要使用多少核，例如 make -j4  表示四核
make install

在cmake时可以参与更多设置：

设置GUI：    -DBUILD_GUI=ON linuxGUI是wxWidgets制作的，所以你的python必须安装了wxWidgets ，个人觉得linux你都回了就没有必要使用GUI了

语言编译： 例如python-DPYTHON_BINDINGS=ON 然后再设置python的环境变量：export PYTHONPATH=/usr/local/lib:$PYTHONPATH 其中PYTHON可以替换成你的语言类型：PYTHON, CSHARP, PERL, JAVA 或 RUBY，如果都想安装，可以将PYTHON 替换为ALL