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Blast笔记

b本文为网上多篇(其实就2篇)文章缝合而成

Blasting蛋白数据库

首先下载swissprot数据库,可以从https://www.ebi.ac.uk/uniprot/download-center,当然也可以从NCBI DB数据库下载已经正好的

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wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/swissprot.gz
#或者
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

解压后构建数据库,如果是ncbi上的是已经构建好了的

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makeblastdb.exe -in swissprot.fa -input_type fasta -title swissprot -dbtype prot(nucl为核酸)

若想构建原始PSSM,可以使用文献中的方法:

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psiblast.exe -db swissprot -query .\1_dp.fasta -evalue 0.001 -num_iterations 3 -out 1.txt -out_ascii_pssm 1.pssm

参考资料: Hendrix Lab

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