首次版本:2015-12-3
第一次更新日期:2017-9-11
第二次更新日期:2017-12-21
首先您可能需要安装CUDA和Openmpi 这里就不再详细说明，您阅读这篇文章时默认已经安装了这两个
我们以将amber安装在/home/kangsgo/mdinstall/md下为例：
1.进入目录：
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cd /home/kangsgo/mdinstall/md
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2.解压
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tar xvfj AmberTools17.tar.bz2
tar xvfj Amber16.tar.bz2
#（注意：amber16需要购买,购买amber16后可以使用GPU加速，价格为500美金）
#（注意:虽然AmberTools17，但解压以后为amber16文件夹）
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3.设置环境变量：
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export AMBERHOME=/home/kangsgo/mdinstall/md/amber16 # (for bash,zsh,ksh,etc.)
setenv AMBERHOME /home/kangsgo/mdinstall/md/amber16 # (for csh,tcsh 一般不是这些终端)
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4.预编译：
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sudo apt-get install csh flex gfortran g++ xorg-dev \
zlib1g-dev libbz2-dev patch python-tk python-matplotlib
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5.进入目录：
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cd $AMBERHOME（也可以输入：/home/kangsgo/mdinstall/md/amber16 绝对路径）
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6.设置
一般采用默认安装即可：
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./configure gnu
# (提示安装miniconda选择安装,不会与自己安装的conda发生冲突，因为其不会写入环境变量)
# 若是编写脚本安装可以输入yes自动接收协议，如下
yes | ./configure gnu
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若自己安装了conda，也可以使用自己的conda，方法如下:
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./configure --with-python /home/kangsgo/anconda3/python gnu
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其中路径需要修改为自己的
这一步不要安装并行选项，并行需要在后面第10步再进行安装。
7.设置环境变量：
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source /home/kangsgo/mdinstall/md/amber16/amber.sh # for bash, zsh, ksh, etc.
source /home/kangsgo/mdinstall/md/amber16/amber.csh # for csh, tcsh
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8.安装：
如果你没有amber16，那么最后会显示
/home/kangsgo/install/amber16/src/Makefile not found, or -noamber was set.
这是正常现象
9.测试：
注:这一步我报错了，但是终端给了提示
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test -f /home/kangsgo/install/amber16/amber.sh && source /home/kangsgo/install/amber16/amber.sh
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输入以上命令后再 make test就成功了
这一步时间较久，可以能1个小时还没有完成，特别是经常屏幕没有反应这是正常现象不需要惊慌。
10.设置环境变量
以下是我自己的写法:
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source /home/kangsgo/install/amber16/amber.sh
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11.多线程的安装
“由于未用到，只是照搬教程”
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cd $AMBERHOME
./configure -mpi <…other options…><compiler-choice>
make install
export DO_PARALLEL=”mpirun -np 2″ #核心数可以修改
make test
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参考文献：Amber17官方教程