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Amber17的安装

首次版本:2015-12-3

第一次更新日期:2017-9-11 第二次更新日期:2017-12-21

首先您可能需要安装CUDAOpenmpi 这里就不再详细说明,您阅读这篇文章时默认已经安装了这两个

我们以将amber安装在/home/kangsgo/mdinstall/md下为例:

1.进入目录:

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cd /home/kangsgo/mdinstall/md

2.解压

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tar xvfj AmberTools17.tar.bz2
tar xvfj Amber16.tar.bz2
#(注意:amber16需要购买,购买amber16后可以使用GPU加速,价格为500美金)

#(注意:虽然AmberTools17,但解压以后为amber16文件夹)

3.设置环境变量:

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export AMBERHOME=/home/kangsgo/mdinstall/md/amber16   # (for bash,zsh,ksh,etc.)

setenv AMBERHOME /home/kangsgo/mdinstall/md/amber16  # (for csh,tcsh 一般不是这些终端)

4.预编译:

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sudo apt-get install csh flex gfortran g++ xorg-dev \
zlib1g-dev libbz2-dev patch python-tk python-matplotlib

5.进入目录:

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cd $AMBERHOME(也可以输入:/home/kangsgo/mdinstall/md/amber16 绝对路径)

6.设置

一般采用默认安装即可:

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./configure gnu

# (提示安装miniconda选择安装,不会与自己安装的conda发生冲突,因为其不会写入环境变量)

# 若是编写脚本安装可以输入yes自动接收协议,如下

yes | ./configure gnu

若自己安装了conda,也可以使用自己的conda,方法如下:

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./configure --with-python /home/kangsgo/anconda3/python gnu

其中路径需要修改为自己的

这一步不要安装并行选项,并行需要在后面第10步再进行安装。

7.设置环境变量:

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source /home/kangsgo/mdinstall/md/amber16/amber.sh # for bash, zsh, ksh, etc.
source /home/kangsgo/mdinstall/md/amber16/amber.csh # for csh, tcsh

8.安装:

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make install

如果你没有amber16,那么最后会显示

/home/kangsgo/install/amber16/src/Makefile not found, or -noamber was set.

这是正常现象

9.测试:

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make test

注:这一步我报错了,但是终端给了提示

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test -f /home/kangsgo/install/amber16/amber.sh && source /home/kangsgo/install/amber16/amber.sh

输入以上命令后再 make test就成功了

这一步时间较久,可以能1个小时还没有完成,特别是经常屏幕没有反应这是正常现象不需要惊慌。

10.设置环境变量

以下是我自己的写法:

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source /home/kangsgo/install/amber16/amber.sh

11.多线程的安装

“由于未用到,只是照搬教程”

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cd $AMBERHOME

./configure -mpi <…other options…><compiler-choice>

make install

export DO_PARALLEL=”mpirun -np 2″  #核心数可以修改

make test

 

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参考文献:Amber17官方教程