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Pymol核酸绘图

大家都知道chimera的核酸绘图功能非常强大,一般大家理解的pymol核酸绘图功能就显得薄弱了,但是今天在看pymol的cartoon的时候无意间看到了其核酸绘图,发现实际上其功能还是不错的。

默认设置

默认的一般有一个磷酸骨架和一个跨过核苷酸平面的枝棒,默认设置如下:

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2
3
4
set cartoon_nucleic_acid_mode, 0 # 骨架随后的磷酸盐,实际上pymol默认设置为4
set cartoon_ladder_mode, 1 # 从骨架到核苷酸的枝条
set cartoon_ring_mode, 0 # 没有核酸环
set cartoon_ring_finder, 1 # 核糖和基本环 (因为ring mode 0,所以这里设置什么都不会展示)

我们以PDB265d为例

1
2
3
fetch 265d
remove resname HOH
remove resname MG

图片1

Cartoon 环模式(ring mode)

设置

set cartoon_ring_mode, value

值影响

0 枝条从骨架原子到嘌呤的N1或嘧啶的N3 1 简单的核糖平面和覆盖环键之间区域的基环 2 简单的核糖平面和覆盖环键内侧之间区域的基环(和模式1相比略小) 3 用棍棒包围核糖和基环的平面 4 在核糖中心和每个基环上的大直径环球体 5 大约为4的1/10的球体

例子

模式1: 图片2

模式3: 图片3

模式4: 图片4

Cartoon ring finder

设置

set cartoon_ring_finder, value

值影响

0 没有环或枝条加入 1 核糖和基础环 2 只有基础环 3 和模式1类似,轻微的透视 4 和模式1类似,核糖核苷酸和碱基,以及蛋白质的芳香侧链显示 5 只有枝条,无环

例子

模式0: 图片5

模式1: 图片6

模式2: 图片7

Cartoon梯子模式

设置

set cartoon_ladder_mode, value

值影响 0 没有枝条展示 1 枝条展示

例子

模式0: 图片8

模式1: 图片6

Cartoon核酸模式

设置

set cartoon_nucleic_acid_mode, value

值影响 0 光滑的骨架通过磷原子,骨架的两端均终止于磷末端 1 光滑的骨架通过核糖C3’原子,骨架的两端最后C3’终止 2 光滑的骨架通过磷原子,主链在5’末端终止于磷,在3’末端终止于O3' 3 和0模式相似? 4 和模式2相似?

例子

模式0: 图片6

模式1: 图片6

模式2: 图片6

Licensed under CC BY-NC-SA 4.0