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gromacs续跑问题

由于我EVO跑了50ns并未平衡,所以还需要继续加跑时间查看,在网上查了一些续跑的资料,现在续跑分享给大家~

1.重启模拟(未测试)

适用范围,突然停机等等,有检查点生成的

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 mdrun -s md_0_1.tpr -cpi state.cpt –append _(不能改变核数)

以上 state.cpt 文件为最新生产的断点文件( mdrun 会保存另外一个断点文件:state_prev.cpt,为上一个时刻保存的断点文件,双保险。)使用 “-append " 的作用是将模拟输出添加到已有文件中,包括轨迹文件,记录文件,能量文件等,相同帧的信息将被后生产的信息覆盖。

2.续跑!

续跑50ns命令

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 gmx convert-tpr -s md_0_1.tpr -f md_0_1.cpt -e md_0_1.edr -extend 50000  -o md_0_2.tpr

其中"-extend 1000"表示延长5000ps的模拟时间。

原因和方法可以看这里:gmx mdrun

我写的如下:

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[完整]  mdrun -s next.tpr -cpi previous.cpt //参考:嘉晔老师

看看续跑第0步的温度是不是和以前最后一步的温度一样, 一样的话, 说明使用了以前的速度, 否则的话, 是重新产生的速度, 你需要重新平衡, 失去了续跑的意义. 我每次都是使用保有速度的gro, mdp中gen_vel=no 重新创建tpr, 再mdrun, 麻烦点. 但不会出现问题 //参考:李继存老师

[简写]  gmx mdrun -deffnm md_0_2.tpr

-o  输出全精度轨迹,默认为traj.trr待考

3.轨迹整合

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2
3
 _trjcat -f traj1.trr traj2.trr.... __-o traj_all.trr

 eneconv -f ener1.edr ener2.edr... __-o ener_all.edr_
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