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Gromacs如何添加非标准残基进入力场

最近在捣鼓一个蛋白,而蛋白内包含有标准残基,弄了许久也没弄进去,谷歌的时候找到一个gromacs添加力场的流程,故简单翻译一遍分享给大家,若需要查看完整的内容可以移步官网:http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field

如果你有新的残基想要放入已存在的力场文件中,从而使得可以使用已经存在pdb2gmx文件或者修正已经存在的一个,这有几个文件你需要进行修改。当然你需要仔细的查看手册中对与格式的要求。具体下来有如下几步:

  1. 在你选择的相应力场中的.rtp文件中增加残基,你可以copy已经存在的残基,重命名以后在进行修改,或者你可以使用额外的拓扑生成工具来适应.rtp文件的格式。
  2. 如果你需要对你的新定义残基进行加氢,你可以创建紧密相关的内容至.hdb文件
  3. 如果你拥有新的原子类型,增加进入atomtypes.atpffnonbonded.itp文件
  4. 如果你有新的键类型,增加进入ffbonded.itp文件中
  5. 增加你的残基进入resudetypes.dat文件并且指定类型(Protein,DNA,Ion等等)
  6. 如果你的残基设计特别的connectivity到其它残基,升级specbond.dat文件 特别提醒的是如果仅仅是一个配体的话建议使用配体教程的方法而不是使用这个方法,这个方法会对力场造成污染,而且麻烦。
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