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Chimera补全蛋白缺失结构

可能很多人喜欢用pymol,其实我认为Chimera是一个更加强大的可视化软件,只是不容易上手,可能不符合国人使用习惯用的人相对较少,这里简单介绍一下最近用到的Chimera补全蛋白缺失结构。

其实Chimera补全蛋白缺失结构主要是是利用的modeller,可以补全尾部结构或者中间的缺失结构,所以个人觉得对于之前介绍的GalaxyFill更加强大。

我们以PDB:1qln为例,1qln为T7 RNA 聚合酶,其中包括了一段核酸序列。我们可以先下载下来了解其信息:

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wget https://files.rcsb.org/download/1QLN.pdb

可以看到MISSING RESIDUES信息,主要是前端和56-71的loop环的缺失。 图片1

我们将对其中loop进行补齐,若缺失的loop环是自己设计的残基,那么还需要自己修改SEQRES信息,如下图: 图片2 其中SEQRES为完整序列信息(包含缺失序列),可以自己创建或者修改添加从而达到自己的补全内容的目的。除非特殊要求一般PDB数据库中不需要修改或者自己添加。

我们打开UCSF Chimera,点击Favorites -> Command Line,在下面Command中进行下载蛋白,删除核酸等操作:

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#打开PDB 1qln
open 1qln
#删除 核酸和溶剂等
delete ~protein

图片3 再点击Tools -> Structure Editing -> Model/Refines Loops 会弹出两个框框,其中这个框框主要是完整的序列信息,其中缺失蛋白位置会用红色框框圈出。 图片4 另外一个为设置modeller的框框: 图片5 具体的设置内容如下: Model/remodel 区域 -active region: 序列框内的活性区域 -Chimera selection region: Chimera中选择的区域 -non-terminal missing structure: 非端点的缺失结构,会将坐标文件和SEQRES相互比较 -all missing structure: 所有缺失片段 **Allow this many residues adjacent to missing regions to move (default 1) ** 允许移动的残基(来适配缺失残基),建议就是默认值 Number of models to generate 生成的模型数,个人觉得1个就好,后期再优化,默认为5个 Loop modeling protocol -standard(默认) -DOPE: 精度更高,花的时间更多,有可能没有结果或者比预期结果少 -DOPE-HR:和DOPE类似,精度相对没有那么高 Run modeller using -web service(默认):需要Modeller license key,学术用户可以输入MODELIRANJE -local installation:需要路径,我的是usr/local/mode9.19

点击OK会后台会运行,我运行了大约15分钟,运行完后模型会直接进入界面,然后保存即可。 若停止或者查看可以在Task Panel查看,即右下角图标

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