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[读书笔记]生物信息学分析鸟类AhR和二恶英对于解密亚型,配体和物种特应性激活之间的联系

原文标题:In Silico Analysis of the Interaction of Avian Aryl Hydrocarbon Receptors and Dioxins to Decipher Isoform‑, Ligand‑, and Species-Specific Activations

影响因子:5.4

摘要:AhR调节有毒的TCDD和其他的二恶英类似物(DLCs)的应答。鸟类物种拥有多种AhR的亚型(AHR1,AHR1β和AHR2),其显示出物种特异行和亚型特异性对于配体的应答。依据鸟类AHRs的结构功能来解释配体的偏爱性,我们生成同源模型基于含有配体的人源HIF-2α(PDB 3H7W)。分子对接使用ASEDock对TCDD和其它的DLCs使用AHR1s和AHR2s表明用同类卤元素代替氯原子随着数量增加而结合能增加。可能的相互作用对于AHR的内源性配体,FICZ对于AHRs的相互作用能在鸟类AHRs中低于TCDD。分子动力学揭露mean square displacements在Ile324和Ser380对于在鸡中的TCDD结合的AHR1,对于TCDD最为敏感的物种,会更小对于其它的鸟类AHR1s,提示动力学稳定性对于这些氨基酸残基贡献对于TCDD具有偏爱性。对于AHR2,相应的残基( (Val/Ser or Val/Ala type))对于不同的TCDD敏感性没有可靠数据。利用立体的参考联系位点模型显示TCDD结合对于鸟类AHRs稳定性可能归功于溶剂化效应依赖于对应的两个氨基酸残基Ile324和Ser380在鸡的AHR1中特点不同。这次研究阐明在生物信息模拟中AHRs和配体们可以被用来预测亚型,配体和物种特异性之间的联系。

简单介绍:在卵内和体外实验显示鸡对于DLCs物质为最敏感物种,黑脚信天翁和环颈雉为中度敏感,普通的鸬鹚和普通的燕鸥是最低敏感性物种。这些机理并不清楚。

另外需要思考的有两点:

第一点:it is not clear why the two amino acid residues in the LBD are critical for the interaction of TCDD−AHR1 and not for TCDD−AHR2.

第二点:it is unknown why the Ile−Ser type of AHR1 is more sensitive to TCDD than other types of AHR1s.

方法:

数据和模板准备

同源建模

分子对接

报告基因

分子动力学/分子模拟

 

Licensed under CC BY-NC-SA 4.0