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[译]MechStiff项目简介

MechStiff对于机械刚度计算

MechStiff计算机械阻力对于外力(单轴拉伸)应用在于氨基酸残基3D结构的特殊部分(自己也不是很了解这个,翻译质量较差,建议度原文)

功能

MechStiff使用作为输入已知的结构模型ANM。其能够常常被计算机械刚度/强度图,作为残基的功能指标,和效率刚度(effective stiffness)(或力常量)for each residue averaged over all pairs it forms。分别绘制2D(map)或者1D(profile),残基的强度伴随ribbon的颜色编码来表示(TCL脚本直接通过VMD加载)。绘图和可视化可以用来:

  1. 鉴定结构外部扰动通过异向性响应
  2. 测定弱或强相互作用的双根据外力受到扰动(拉伸)的方向和位点
  3. 测定宏观的有效弹性系数,通过比较数据,这些数据来自Single Molecule Force Spectroscopy (SMFS) 或atomic force microscopy (AFM)
  4. 计算每个模型的贡献对于变形比对选择的变形

参考文献

Eyal E, Bahar I Toward a Molecular Understanding of the Anisotropic Response of Proteins to External Forces: Insights from Elastic Network Models Biophys J 2008 94(9):3424-3435.

Licensed under CC BY-NC-SA 4.0