Back

利用GalaxyFill补全蛋白

GalaxyFill是一个项目用来进行对蛋白的缺失结构进行补全。其功能我觉得非常强大,比如用来进行蛋白的延长,甚至进行融合蛋白的制作。 使用Galaxy需要为Linux 64-bit位系统 请注意无法补全中间的缺失结构

安装

  1. 下载GalaxyFill项目:
1
wget https://github.com/seoklab/GalaxyFill/archive/master.zip
  1. 解压
1
2
3
unzip master.zip
#修改名字
mv GalaxyFill_master/ GalaxyFill
  1. 设置环境变量
1
2
3
4
5
gedit ~/.bashrc
##增加如下行,需要根据自己进行修改
## GalaxyFill
## export GALAXY_HOME=/home/kangsgo/install/GalaxyFill
source ~/.bashrc

使用

使用方法如下: 使用:

1
$GALAXY_HOME/bin/GalaxyFill [-h] [-p INPUT PDB File] [-s INPUT FASTA File]

输入参数和设置:

1
2
3
4
-p or --pdb : Input protein structure file in PDB format (mendatory)
-s or --seq : Input protein sequence file in FASTA format (mendatory)
-o or --out : Output protein structure file name (optional, default=${Input PDB prefix}_fill.pdb)
-t or --title : Running title for GalaxyFill (optional, default=${Input PDB prefix})
Licensed under CC BY-NC-SA 4.0