1.Gromacs笔记整理

1.1.安装篇

Gromacs2020 详细安装 (兼容gromacs5.X版本)

Gromacs CUDA版一键安装脚本 【已失效】

1.2.核心教程

1.2.1 James (Wes) Barnett教程

Gromacs教程

GROMACS教程1-水

GROMACS教程2-水中的单个甲烷

1.2.2 简单教程

GROMACS之水中部分載脂蛋白

1.2.3 蛋白配体教程

LigParGen:配体OPLS/CM1A力场在线生成

gromacs下蛋白-配体复合物模拟[GAFF]

gromacs中构建非标准氨基酸残基力场

gromacs下蛋白配体复合物分析

1.2.4 g_mmpbsa教程

g_mmpbsa之简单教程/结合自由能计算

g_mmpbsa之参数注释

GMXPBSAtool安装与使用经验教程

1.2.5 其他不完善教程

Gromacs 5.1.2做拉伸动力学的几点笔记

gromacs使用PCA绘制能量景观图

1.3.小技巧合集

Gromacs共轭梯度法mdp设置

2.Rosetta笔记整理

2.1.安装篇

2.2.完整教程

Rosetta蛋白蛋白对接

Rosetta从头结构预测

3.Pymol笔记整理

3.1 安装

Pymol安装与问题解决

3.2 基本手册

Pymol选择速查手册

3.3 笔记

Pymol插件:Autodock/Vina

[转]pymol小技巧-选择配体周围氨基酸残基

使用Pymol的Modevectors脚本绘画豪猪图

Pymol小脚本之Rotkit

利用Pymol将周边图像虚化

Pymol核酸绘图

Pymol渲染(Ray)笔记